2019冠狀病毒的檢測拭子在實驗室內進行核算分析。（海峽時報）
作者 張麗苹
新加坡自1月23日發現第一起2019冠狀病毒疾病（簡稱冠病）至今（11月9日），已累計了5萬8064起確診病例。
在這291天內，我國出現了無數個冠病感染群，從最初的六大感染群：
永泰行
君悅酒店會議
基督生命堂
實里達航空嶺工地
神召會恩典堂
第二科學園
演變至疫情在全島的外籍客工宿舍內大暴發。
在這10個多月當中，冠狀病毒在我國的傳播途徑有沒有什麼pattern（規律）？各感染群之間有沒有出現交叉感染？後來在外籍客工宿舍群暴發的疫情，源頭來自哪裡？
答案就鎖在冠狀病毒的基因標記里。
作為「基因偵探」的新加坡科技研究局（A*STAR）近期用基因鑰匙，揭開了本地疫情的神秘面紗。
領導這項偵查工作的，是A*STAR生物資訊研究院副院長（研究）莫勒—斯特羅（Sebastian Maurer-Stroh）博士。
A*STAR生物資訊研究院副院長（研究）莫勒—斯特羅（Sebastian Maurer-Stroh）博士。（海峽時報）
據《海峽時報》報道，目前歐美研究人員所建立的國際流感資料庫GISAID，沿用的正是由莫勒—斯特羅博士小組所開發的病毒分類法。
新加坡出現了五大冠病分化支
冠病今年1月在中國武漢暴發後，迅速擴散到全球，並變異出不同的毒株分化支。
今年5月，美國德雷塞爾大學研究團隊將冠病基因組變異的差異，作為「指紋」對病毒進行分類後發現，冠病已經變異成至少17種類型。 在新加坡出現的，則是四大主要分化支（Clades）：
S分化支
L分化支
V分化支
G分化支——後來又分出三個次分化支：GR、GH和GV
另外還有一個未歸類的分化支，統稱「O」（Others，其他）。
接下來，就是有趣的「揭秘」部分。
來勢洶洶的S分化支
神召會恩典堂。（海峽時報）
莫勒—斯特羅博士的團隊發現，原來在本地最早出現的六大感染群當中，神召會恩典堂、基督生命堂、第二科學園和實里達航空嶺工地的確診病例體內的冠狀病毒，都擁有同樣的S分化支基因標記。
換句話說，這四大感染群的源頭都是同樣的。
不過，確診冠病後很快就痊癒出院的神召會恩典堂主牧師趙克文，與實里達航空嶺工地那名確診冠病後入住加護病房兩個多月，後來在昏迷中「升級」當上父親的39歲孟加拉籍客工Raju Sarker之間完全沒有交集。病毒究竟是如何傳播的，至今依然是個謎。
左起：39歲的孟加拉籍客工Raju Sarker和48歲的神召會恩典堂主牧師趙克文，所感染的冠狀病毒是來自同個S分化支。（海峽時報製圖）
目前，研究人員只能肯定，兩人所感染的冠狀病毒是來自同個S分化支。
有意思的是，這個S分化支病毒在疫情初期，也曾在台灣出現過，但至今已在全球絕跡。
莫勒—斯特羅博士告訴《海峽時報》：
「重要的是，（S分化支）雖然在本地促成一些感染群，卻得到很好的控制。因此，它已經沒有在世界其他地方出現。它已經絕種了。」
換句話說，S分化支來到新加坡後，被成功圍剿並徹底根除，沒再傳播到世界其他地方。
L分化支和V分化支目前也在新加坡絕跡了。
從武漢漂洋過海的L分化支
從L分化支的基因標記來看，這個病毒是直接源自武漢。
這種毒株最先出現在位於惹蘭勿剎卡文路（Cavan Road）24號的中藥行永泰行的9人感染群當中。永泰行也是新加坡首個冠病感染群。受感染的這9人都與來自廣西的旅行團有直接和密切的聯繫。
新加坡的第一個感染群就出現在位於惹蘭勿剎卡文路（Cavan Road）24號的中藥行永泰行內。（海峽時報）
這個L分化支病毒，同樣感染了1月20日至22日在君悅酒店開會的三名新加坡人和四名外國人。那四名外國人後來將病毒帶往馬來西亞、韓國和英國，促成中型傳播情況。後來，這款L分化支冠狀病毒又被傳至法國和西班牙。
來自義大利的V分化支
V分化支變異病毒與來自中國武漢的L分化支屬於近親。
V分化支在義大利北部的冠病疫情大暴發中參與了一腳，後來傳遍歐洲。
不過V分化支在全球目前已逐漸被G分化支所取代。
在本區域「赫赫有名」的G分化支
G分化支因為有一個與榴槤非常近似的變異名稱：D614G突變，而聞名本區域。
馬來西亞衛生總監諾希山曾錯誤宣布這款變異病毒比其他毒株的感染力高出十倍，還被新加坡傳染病學家駁斥，認為情況沒有馬國說得那麼嚴重，民眾無須過於恐慌。
G分化支在今年2月至6月之間在全球曾處於「主角」位置，後被兩個「女兒毒株」——GR次分化支和GH次分化支取代。
GR次分化支是歐洲第二波疫情的「罪魁禍首」。GH次分化支則「嫁」到美國，目前仍在美國肆虐。
新加坡也出現了相當大量的GR次分化支和GH次分化支確診病例，不過都是境外輸入病例。這兩個次分化支病毒並沒有在本地社區傳播開來。
近期，G家族出現了新成員——GV次分化支。它大約是在7月出現，9月至今越來越活躍。
GV次分化支最先出現在好幾個歐洲國家，包括西班牙和瑞士。新加坡也出現了幾起GV次分化支確診病例，全都來自回返新加坡的國人，主要是在海外求學的本地學生，屬於境外輸入病例。這些病例已全部被隔離開來，沒有傳入社區。
莫勒—斯特羅博士說： 「我們能控制得好，是因為我們的邊境防護工作做得好，政府各部門由上至下與我們的許多同事在編制病毒的基因組定序、以及展開病毒追蹤工作等。」
極有可能來自印度的O分化支
在新加坡的5萬8064起確診病例當中，超過93%，約有5萬4500起，都是住在宿舍內的外籍客工。
本地最大感染群S11榜鵝客工宿舍今年4月被當局劃為隔離區後，外籍客工們都遵守規定留在房內隔離。偶爾有單獨的客工走出來透透氣。（聯合早報）
從病毒基因標記提供的信息來看，它們都是由O分化支變異病毒所引起，確切說是O(B.6)變異體，這個分化支極有可能是從印度輸入新加坡。
莫勒—斯特羅博士解釋說：
「當我們追溯到本地O(B.6)變異體出現的初期，當時在印度有著大量來自同一個分化支的變異病毒，同時在馬來西亞和澳洲也有出現了少量由O(B.6)變異體引起的病例。」
這些由病毒基因標記所揭發的傳播pattern，有沒有打破蟻粉們原有的猜測？
這些基因信息雖然為本地的疫情掀開了面紗，卻仍未提供所有的答案，僅僅只顯示了冰山一隅。
本地近期出現的社區傳播病例，都是無症狀且病毒含量低的確診病例。它們雖然能夠被證實為冠病，卻大大提高了2019冠狀病毒全基因組定序（full genome sequence）的難度，同時也增加了冠病疫苗的研製難度。
可以這麼說，「基因偵探」為我們揭開的面紗，猶如在翻閱一本書時，隨意跳出的那幾頁，上面雖有精彩內容，卻未必按順序出現，但至少為我們開啟了對疫情一窺究竟的機會。
