1942年新加坡的淪陷是對大英帝國殖民體系的一次沉重打擊，邱吉爾戰後回憶說，整個二戰期間，新加坡失守是他最感痛心也是情緒最低落的時刻。這個號稱永不會陷落的「遠東堡壘」的淪陷震驚了所有還沉浸在帝國殘夢中的英國人。
如果說新加坡失陷對於英國殖民者來說是一記沉重的心理重拳，那麼對於生活在這個彈丸小島上的數十萬華人而言，則是一場真實的噩夢。
自1937年日本發動全面侵華戰爭起，230萬新馬華人就全力支持祖國抗戰。據華人領袖陳嘉庚估算，抗戰初期5年，華僑直接匯款回國給家人加上義捐之數達到50億元，而1939年國民政府全年戰費不過18億，南洋華僑貢獻之巨，可見一斑。更有許多華僑回到國投身抗戰一線。
日本軍部早就對新馬華人慾除之而後快。
占領新加坡後，日本第25軍司令官山下奉文便與參謀長鈴木宗作中將、參謀主任杉田大佐等人一起策劃了對新加坡華人的「肅清行動」，要求全島日軍在三天內肅清以下人員：
1.曾經在南洋華僑籌賑會中積極活動的人士;
2.曾經最慷慨地捐輸給籌賑會的富裕人士;
3.南洋華僑救國運動領袖陳嘉庚的追隨者;
4.海南人(在日本人眼中，海南人均屬共產黨分子);
5.凡在中日戰爭以後來到馬來亞的中國出生華人(他們被認為或參加過抗戰，或厭惡日軍侵略及逃避日軍徵用而離開中國的人);
6.凡是紋身的男性(在日本人看來，紋身的男子都是私會黨徒);
7.凡是以義勇軍之身份，幫助英軍抵抗日軍者;
8.公務員以及可能親英之人士;9.凡是擁有武器，並嘗試擾亂治安之人士。
1942年2月17日，山下奉文命令新加坡警備司令河村三郎：「將潛伏著的持敵對態度的華僑連根剷除，以絕我軍作戰的後顧之憂。」參謀長鈴木則明確指示：「判定出敵對分子後，當即處置(死刑)」。
2月18日，殘酷的大「肅清」開始了。日軍對新加坡市區進行劃區封鎖，強令各區華僑，不分男女老幼，攜帶一周糧食，前往7個集中地接受甄別。不到3天，7個集中地的學校、工廠、住宅、街道都擠滿了華人。白天烈日曝曬，夜晚寒風侵肌，華人在死亡的恐怖中，心驚膽戰地等待著審查。僅僅幾天，就有一百多人被擠死，悶死。
儘管有《抗日華僑名冊》(新加坡的日本僑民和柔佛州警方有關人員提供)和漢奸的協助，但要在短短三天內，從七八十萬華僑中甄別出五六萬名「抗日分子」，那是絕對不可能的。整個甄別過程實際上充滿了「兒戲」——只盤問職業者有之;以貌取人者有之;抽籤抓鬮者有之——總之，是生是殺，完全隨「皇軍」意志支配。
日本陸軍中鼎鼎大名的戰爭狂人政信當時正擔任馬來方面作戰處主任參謀，他也是「肅清大屠殺」的主要推動者。2月22日，政信巡視了負責惹蘭勿殺地段「肅清」工作的日軍部隊。在聽說大西覺的分隊只甄別出了70人後，政信大為光火，嚴厲斥責道：「你還在磨蹭什麼?我是要全新加坡一半人(的命)!」這一句話便讓大西覺的分隊一口氣抓了幾千人，塞滿了幾十輛汽車，風景宜人的樟宜海濱遂成屠場。
海南華僑是被重點搜殺的對象，因而遇難的比例特別高，1947年4月《新加坡大「肅清」案戰犯審訊記》曾有這樣的記述：「芽籠區則為日軍施虐最殘酷慘毒之地區也。華僑居民不問男女老幼，均被驅步行往直落占老之英校草場，忍飢耐渴，曝日露宿。凡二日，婦孺乃得釋回。男子蹲踞草場，任曝驕陽，稍一動彈，拳足交加，甚或驅上羅厘(貨車)，每車三五十人不等，一去不返。及至22日，凡經檢出之教員及識字者、公務人員、義勇軍、南來不及五年者、有五萬以上資產者及海南人等，均被載往錫叻七里半處屠殺，為數之眾，為各區之冠」。
「肅清大屠殺」中，究竟有多少華人被殘殺?
1945年9月，英國隨軍記者博比·傑克遜認為人數達到5萬。同月11日，《星洲日報·總彙報》引用日本占領馬來亞時期出版的《彼南日報》提供的數字，說「新加坡檢舉不良分子7萬餘人」。日本歷史學家永三郎在他的《太平洋戰爭》一書中，引用了1942年出版的《朝日東亞年報》提供的資料，也說新加坡被甄別出的華僑有7萬名。1947年3月10日開審的戰犯法庭上，控方根據登記所得，指控日軍屠殺了5000以上的華人。但諮詢局及華人團體都認為不止此數，由於「全家遭難或遇難者原屬單身，或大人遇難只余童稚，均無從填報，或認為無甚用處，不欲填報」，實際遇害人數要比登記數目大得多。柔佛州蘇丹醫生班德拉博士在遞交給遠東軍事法庭的書面證詞中就斷言：「我相信，在新加坡除去軍人外，有15萬以上的亞洲人被日本警察秘密處死或拷打致死。」
1946年，山下奉文被馬尼拉特別軍事法庭處以死刑;馬來亞戰俘收容所司令官，參與「肅清」的福萊中將在樟宜海灘被槍決;1947年，7名參與新加坡大屠殺的日本戰犯受審。最後，河村三郎中將和大石正行中佐兩名戰犯被處絞刑，西村琢磨中將、大西覺少佐等5名戰犯被判無期徒刑。
新加坡獨立後，當地的華僑曾強烈要求日本對「肅清大屠殺」進行道歉和賠償，但最後只拿出5000萬美元作為賠償，官方仍然拒絕道歉。
新加坡「肅清大屠殺」是太平洋戰爭中規模最大的屠殺平民事件，它與馬尼拉慘案和南京大屠殺一起被列為二戰日軍屠殺平民的三大慘案。1967年2月15日，日本占領時期死難人民紀念碑正式落成。每年的2月15日，即日軍占領新加坡的那一天，成千上萬的新加坡人都會來到紀念碑公園，焚香燒燭，祭奠亡靈。
