相互协商程序结果的法律效力
国际普遍认为相互协商程序应属于行政性的争议解决手段，换言之，其结果只对达成协议的主管当局产生约束，如果当事人对结果不满，其仍有权通过司法程序寻求救济。此外，相互协商程序是两国主管当局就特定问题进行的协商讨论，就效力而言，其得出的结论只能对该特定问题生效，而无普遍约束力。
相互协商程序与生效
解或司法判决的关系
通常认为，如果两国主管当局进行协商讨论的问题已有生效的税收和解或司法判决，那么两国主管当局在进行相互协商时，将只能基于此前认定的事实进行相应的纳税调整，而不能改变已生效的和解或判决。
保护性措施
协商程序条款规定，若纳税人接受相互协商的结果，该结果的执行将不受其本国国内法的限制。因两国主管当局就相互协商能否达成一致具有相当的不确定性，而且该程序通常耗时很长，当纳税人对协商结果不满或两国税务主管当局无法达成一致时，即使纳税人希望通过司法程序解决也很有可能面临诉讼时效已过期的尴尬局面。因此，当事人在申请启动协商程序后往往还会同时选择启动其他的救济程序，如行政复议或司法救济来确保自身权益。
理论上启动其他救济程序不会对相互协商程序产生影响，两者应属于平行关系。但事实上，若其他救济程序产生了结果，其必将对案件产生巨大影响，因此许多国家(地区)会通过国内法规定，若当事人希望启动相互协商程序解决税收争议，该当事人应中止其他正在进行中的救济程序。
新加坡仲裁条款
仲裁条款是 OECD 为提高相互协商程序的效率，确保税收协定的实施而制定的条款。其一般形式是:如果两国主管当局在一定时间内(通常为两年)无法就相互协商的事项达成一致，当事人可以请求将该事项提交仲裁。新加坡对外签署的部分税收协定包含仲裁条款。
