相互協商程序結果的法律效力
國際普遍認為相互協商程序應屬於行政性的爭議解決手段，換言之，其結果只對達成協議的主管當局產生約束，如果當事人對結果不滿，其仍有權通過司法程序尋求救濟。此外，相互協商程序是兩國主管當局就特定問題進行的協商討論，就效力而言，其得出的結論只能對該特定問題生效，而無普遍約束力。
相互協商程序與生效
解或司法判決的關係
通常認為，如果兩國主管當局進行協商討論的問題已有生效的稅收和解或司法判決，那麼兩國主管當局在進行相互協商時，將只能基於此前認定的事實進行相應的納稅調整，而不能改變已生效的和解或判決。
保護性措施
協商程序條款規定，若納稅人接受相互協商的結果，該結果的執行將不受其本國國內法的限制。因兩國主管當局就相互協商能否達成一致具有相當的不確定性，而且該程序通常耗時很長，當納稅人對協商結果不滿或兩國稅務主管當局無法達成一致時，即使納稅人希望通過司法程序解決也很有可能面臨訴訟時效已過期的尷尬局面。因此，當事人在申請啟動協商程序後往往還會同時選擇啟動其他的救濟程序，如行政複議或司法救濟來確保自身權益。
理論上啟動其他救濟程序不會對相互協商程序產生影響，兩者應屬於平行關係。但事實上，若其他救濟程序產生了結果，其必將對案件產生巨大影響，因此許多國家(地區)會通過國內法規定，若當事人希望啟動相互協商程序解決稅收爭議，該當事人應中止其他正在進行中的救濟程序。
新加坡仲裁條款
仲裁條款是 OECD 為提高相互協商程序的效率，確保稅收協定的實施而制定的條款。其一般形式是:如果兩國主管當局在一定時間內(通常為兩年)無法就相互協商的事項達成一致，當事人可以請求將該事項提交仲裁。新加坡對外簽署的部分稅收協定包含仲裁條款。
