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启动程序时效及条件
相互协商程序是通过缔约国之间双边税收协定赋予缔约国纳税人的权利救济程序，制定该程序的目的是为保证税收协定的实施及有效消除国际双重征税。但需要注意的是，申请该救济程序的权利存在期限，根据 OECD税收协定范本中的规定——当事人应在第一次收到不符合税收协定规定的征税措施通知之日起 3 年内提出申请。
从实务角度出发，通常来说只有当中国居民(国民)从缔约对方税务主管当局接到有违反税收协定嫌疑的书面意见或通知后(如申请税收协定优惠待遇被驳回的通知、认定存在常设机构的通知或转让定价调整数额初步通知等类似的书面意见或通知)，当事人方有充分理由认定将出现不符合税收协定的征税行为，相互协商程序的 3 年期限开始计算，此时当事人方可申请启动相互协商程序。
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税务机关对申请的处理
根据 OECD 税收协定范本条款中的用语“上述主管当局如果认为所提意见合理，又不能单方面圆满解决时，应设法同缔约国另一方主管当局相互协商解决”可以看出一国税务当局对是否应当事人的申请启动相互协商程序有一定的自由裁量权利。
纳税人申请启动相互协商程序，应遵循以下四个步骤:
01
提交申请
一经确定需要适用相互协商程序后，纳税人应向新加坡税务局提交申请。纳税人无需填写申请表，仅需提交书面说明，同时根据适用情况提交规定的文件资料。新加坡税务局并不会向纳税人收取任何享受相互协商程序的费用。
02
评估
纳税人提交申请后，新加坡税务局进行审核与评估，审核与评估方式包括，与纳税人会面并要求纳税人对特定事项进行细致解释说明、对纳税人进行实地考察，询问企业关键人员等。
经过审核与评估后，新加坡税务局将出具是否接受纳税人申请的意见。如果新加坡税务局拟接受纳税人提交的申请，新加坡税务局将在自收到申请及有关证明材料起 1 个月内向纳税人及相关外国主管税务机关签发申请接收函。如果新加坡税务局拟不接受纳税人的申请，其将以书面的形式告知纳税人及相关外国主管税务机关。
03
协商
新加坡税务局接受了纳税人提交的享受相互协商程序的申请后，新加坡税务局将与外国主管税务机关针对该案件展开协商，以消除任何不符合DTA 规定的双重征税行为。
新加坡税务局将会定期向纳税人更新与外国主管税务机关协商的进度及结果。一般来说，新加坡税务局将在收到纳税人申请后的 24 个月内完成案件。
04
执行
当新加坡税务局与外国主管税务机关就该案件达成一致意见后，新加坡税务局将在达成意见后 1 个月内写以书面形式通知纳税人，并告知纳税人下一步行动。纳税人必须决定两国税局商定的结果是否可以接受。
如纳税人并未拒绝两国税局商定的结果，新加坡税务局将与外国主管税务机关继续执行相互协商程序。
如果纳税人在两国被征收了任何与申请享受相互协商程序的税收行为相关的利息或罚金，相互协商程序可用于判断是否应适当退还此类利息或罚款。
