1
啟動程序時效及條件
相互協商程序是通過締約國之間雙邊稅收協定賦予締約國納稅人的權利救濟程序，制定該程序的目的是為保證稅收協定的實施及有效消除國際雙重徵稅。但需要注意的是，申請該救濟程序的權利存在期限，根據 OECD稅收協定範本中的規定——當事人應在第一次收到不符合稅收協定規定的徵稅措施通知之日起 3 年內提出申請。
從實務角度出發，通常來說只有當中國居民(國民)從締約對方稅務主管當局接到有違反稅收協定嫌疑的書面意見或通知後(如申請稅收協定優惠待遇被駁回的通知、認定存在常設機構的通知或轉讓定價調整數額初步通知等類似的書面意見或通知)，當事人方有充分理由認定將出現不符合稅收協定的徵稅行為，相互協商程序的 3 年期限開始計算，此時當事人方可申請啟動相互協商程序。
2
稅務機關對申請的處理
根據 OECD 稅收協定範本條款中的用語「上述主管當局如果認為所提意見合理，又不能單方面圓滿解決時，應設法同締約國另一方主管當局相互協商解決」可以看出一國稅務當局對是否應當事人的申請啟動相互協商程序有一定的自由裁量權利。
納稅人申請啟動相互協商程序，應遵循以下四個步驟:
01
提交申請
一經確定需要適用相互協商程序後，納稅人應向新加坡稅務局提交申請。納稅人無需填寫申請表，僅需提交書面說明，同時根據適用情況提交規定的文件資料。新加坡稅務局並不會向納稅人收取任何享受相互協商程序的費用。
02
評估
納稅人提交申請後，新加坡稅務局進行審核與評估，審核與評估方式包括，與納稅人會面並要求納稅人對特定事項進行細緻解釋說明、對納稅人進行實地考察，詢問企業關鍵人員等。
經過審核與評估後，新加坡稅務局將出具是否接受納稅人申請的意見。如果新加坡稅務局擬接受納稅人提交的申請，新加坡稅務局將在自收到申請及有關證明材料起 1 個月內向納稅人及相關外國主管稅務機關簽發申請接收函。如果新加坡稅務局擬不接受納稅人的申請，其將以書面的形式告知納稅人及相關外國主管稅務機關。
03
協商
新加坡稅務局接受了納稅人提交的享受相互協商程序的申請後，新加坡稅務局將與外國主管稅務機關針對該案件展開協商，以消除任何不符合DTA 規定的雙重徵稅行為。
新加坡稅務局將會定期向納稅人更新與外國主管稅務機關協商的進度及結果。一般來說，新加坡稅務局將在收到納稅人申請後的 24 個月內完成案件。
04
執行
當新加坡稅務局與外國主管稅務機關就該案件達成一致意見後，新加坡稅務局將在達成意見後 1 個月內寫以書面形式通知納稅人，並告知納稅人下一步行動。納稅人必須決定兩國稅局商定的結果是否可以接受。
如納稅人並未拒絕兩國稅局商定的結果，新加坡稅務局將與外國主管稅務機關繼續執行相互協商程序。
如果納稅人在兩國被徵收了任何與申請享受相互協商程序的稅收行為相關的利息或罰金，相互協商程序可用於判斷是否應適當退還此類利息或罰款。
