1964年，行动党参加联邦选举。他们认为既然联盟可以在泛马来亚的名义下参选，行动党应该也可以这么做。从一开始，行动党只表达对马华的挑战，而不是巫统。行动党认为他们如果在联盟内会比马华更有作为。然而，巫统把行动党的参选看成对国内马来人的统治地位的挑战。最后，行动党由蒂凡那赢得一席，成为马国会最大反对党（行动党在新加坡州议席有12个，总共有13个议席）。巫统和行动党的冲突加深。而此时期在马来西亚其他州属的行动党党部，正是今日民主行动党的前身。
巫统内部一些激进的领袖开始抹黑行动党，说行动党的政策导致许多马来人流离失所，贫困和低教育，是个华族政党。新加坡的华人和马来人原来的和睦也开始淡化，种族冲突最后于1964年7月21日，先知穆罕默德的诞辰，在芽笼爆发。当天，25000名马来族游行者本来是要沿着芽笼路走到一所清真寺，路上由于有一群人走散，华族警员于是叫他们归队。那群马来人不满，就将他痛殴一顿。消息传出去后，华人开始在街上殴打马来人，种族暴乱开始。政府开始从中央政府请来镇暴警察，但是由于警察偏袒马来人，当解严后，有23人死亡，454人受伤。马来西亚首相东姑阿都拉曼、新加坡州总理李光耀、马来西亚副首相阿都拉萨都来新加坡巡视，安抚民心。
然而，1964年9月，由于印尼特务的挑拨离间，新加坡又发生种族暴乱。印尼特务将一名马来族三轮车夫谋害后逃走，马来人认为是华人干下的，所以展开报复行动。共有12人死亡，109人受伤。巫统内的极端分子将李光耀比喻成马来西亚的公敌。双边关系持续恶化。
新加坡独立
新加坡独立
1965年5月，行动党和其他主要的反对党成立马来西亚人民团结总机构，要求建立“马来西亚人的马来西亚”。巫统党内激进人士非常不满李光耀的行为，甚至要求东姑将他逮捕。东姑怕纷争将会进一步恶化，决定将新加坡驱逐出马来西亚联邦。1965年8月9日，马来西亚国会以126票赞成、0票反对，同意将新加坡驱逐出联邦，李光耀为此落泪。新加坡共和国正式成立，李光耀为总理，尤索夫·伊萨为总统。
