15名議員針對《維持種族和諧法案》提出疑問和建議，包括法令是否會扼殺言論自由哪些組織會受到約束以及申報外來捐款的機制等。內政兼律政部長尚穆根表示，當局將在較遲時候為指定組織提供資料包，幫助他們履行申報要求，並提供足夠時間讓這些組織進行調整。
有不少議員擔心法案會進一步扼殺言論自由，並希望政府更清楚說明將在什麼情況下發布限制令。
楊厝港區議員葉漢榮表示：「我們該如何確保我們在維繫和諧的同時，不會犧牲具意義且誠實的對話以及言論自由？」
非選區議員潘群勤說：「我們不希望看到這項法案更進一步扼殺言論。我們希望政府能更清楚地說明政府將在什麼情況下發布限制令，對付哪些行為或表述。」
內政兼律政部長尚穆根說：「新加坡人擔心政府會利用這些權力進一步限制新加坡人的言行舉止。其實這並不是進一步的限制。這是現行法律中的一項限制，而這個限制被移植過來但有所收緊。」
也有議員表示，要求組織申報外來捐款和聯繫可能會給他們帶來額外的行政負擔，而並非所有外來聯繫都是帶有惡意。
阿裕尼集選區議員林瑞蓮說：「這種跨國關係不僅能夠豐富組織之間共同興趣的廣度，也能夠增加慈善活動獲得資源的機會。從對外關係的角度來看，這種關係也能夠促進跨越國界的人際交流。」
官委議員李堅輝說：「我要求澄清本地和外國貿易協會是否會被明確告知歸類為以種族為基礎的機構的標準。由於這些組織的工作專注在商業、貿易便利化和國際合作，因此他們必須了解這項法案對他們機構的分類依據。」
部長強調新加坡必須保持開放，並與世界接軌。
內政兼律政部長尚穆根說：「我們都意識到這些機構對新加坡很重要。它們具有有建設性、有助建立社會聯繫，它們也維護我們的傳統與文化，它們加強我們的商業網絡，而這些只是一部分優點。但與此同時這些活動的性質使它們更容易受到外來影響。如果外來影響具有惡意，就會對我們造成傷害，因此我們需要採取防範。」
也有議員質疑除了法律框架，政府將如何解決造成種族主義行為的根本原因。
義順集選區議員黃國光說：「部長是否可以分享有哪些措施應對造成種族主義行為的本因，導致必須發布限制令？」
內政兼律政部長尚穆根說：「議員都知道必須通過包括公共教育在內的多層面政策方案來實現這一目標。你還需要很多其他的東西，正如我在早些時候提到的，每個周末都會有數以千計由人民協會舉辦的活動，人協也是國家建設方面的關鍵機構。」
也有議員表示，維護公共和平和秩序是政府的責任而不是總統的職責，因此質疑賦予民選總統權力來決定內政部長發布的限制令的做法。部長則表示通過民選總統來制約部長的行使權力是恰當的。由於法案需要修改憲法，國會以記名方式投票，《維持種族和諧法案》以78贊成票對7反對票三讀通過。
