南北交通廊道建設工程進入最具挑戰的施工階段。除了須在運營中的地鐵線路、主要道路及人口密集地區附近施工，工程團隊也陸續發現一些前期勘察未能掌握的情況。
沿線不同路段的地質條件差異較大，包括部分地段出現堅硬岩層等，增加施工難度和複雜性，延長工程時間。
南北交通廊道的主結構之一是8.8公里長、40米寬、19米高的高架橋，整座高架橋需安裝6000多個預製構件。
工程在主要道路上方進行，為了減低對道路使用者和巴士服務的影響，構件的吊裝和安裝工作安排在夜間非尖峰時段進行。從凌晨1點開始，每晚僅有四到五個小時的作業窗口。
陸路交通管理局南北交通廊道組副總署長汪培文說： 「隨著工程推進，我們發現地下的實際情況比預期更具挑戰，因此我們也相應調整了設計和施工方案，確保工程安全進行，也保障周邊的基礎設施不受影響。」
像是甘巴士道和兀蘭8道一帶的高架橋工程，就因地下管線加上打樁和承台施工時遇到不利的地質條件，地基工程所需時間比預期長。
高架橋施工環環相扣，地基工程一旦延誤，橋柱、橫樑和預製構件安裝等後續工程也會相應推遲。
工程團隊在湯申一帶也面對另一個大挑戰，淺層地底存在大範圍的堅硬岩層和大型巨石，長達約200米的路段受影響。團隊必須通過爆破移除多達1萬8000立方米的堅硬岩石，相等於填滿約七個奧運標準游泳池，大幅增加施工難度和複雜性。
在諾維娜一帶，隧道必須從正在運營的南北線上下方穿越，最近距離只有約一米。
從南北線上方穿越的南向隧道工程順利完成，但施工團隊在開挖北向隧道時，發現前期勘察無法發現的破碎岩層和地下水，因此必須分段開挖和加固，確保地鐵安全運行。
尼誥大道一帶的隧道也必須從環線隧道上方穿越，一些部分的距離只有1.5米。加上填海區地基土質鬆軟，陸交局在展開隧道挖掘工程前，採用專門的管棚技術和地基改良措施，加固並穩定周圍土層。
甘榜爪哇一帶則必須在現有的高架橋下方建造疊層隧道，因此需要進行複雜的基礎托換工程，穩固支撐現有的高架橋。這些工程必須按照嚴謹的施工順序進行。
陸路交通管理局表示會密切關注工程進度，並在適當時候公布項目預計的竣工時間。
