1964年，行動黨參加聯邦選舉。他們認為既然聯盟可以在泛馬來亞的名義下參選，行動黨應該也可以這麼做。從一開始，行動黨只表達對馬華的挑戰，而不是巫統。行動黨認為他們如果在聯盟內會比馬華更有作為。然而，巫統把行動黨的參選看成對國內馬來人的統治地位的挑戰。最後，行動黨由蒂凡那贏得一席，成為馬國會最大反對黨（行動黨在新加坡州議席有12個，總共有13個議席）。巫統和行動黨的衝突加深。而此時期在馬來西亞其他州屬的行動黨黨部，正是今日民主行動黨的前身。
巫統內部一些激進的領袖開始抹黑行動黨，說行動黨的政策導致許多馬來人流離失所，貧困和低教育，是個華族政黨。新加坡的華人和馬來人原來的和睦也開始淡化，種族衝突最後於1964年7月21日，先知穆罕默德的誕辰，在芽籠爆發。當天，25000名馬來族遊行者本來是要沿著芽籠路走到一所清真寺，路上由於有一群人走散，華族警員於是叫他們歸隊。那群馬來人不滿，就將他痛毆一頓。消息傳出去後，華人開始在街上毆打馬來人，種族暴亂開始。政府開始從中央政府請來鎮暴警察，但是由於警察偏袒馬來人，當解嚴後，有23人死亡，454人受傷。馬來西亞首相東姑阿都拉曼、新加坡州總理李光耀、馬來西亞副首相阿都拉薩都來新加坡巡視，安撫民心。
然而，1964年9月，由於印尼特務的挑撥離間，新加坡又發生種族暴亂。印尼特務將一名馬來族三輪車夫謀害後逃走，馬來人認為是華人干下的，所以展開報復行動。共有12人死亡，109人受傷。巫統內的極端分子將李光耀比喻成馬來西亞的公敵。雙邊關係持續惡化。
新加坡獨立
新加坡獨立
1965年5月，行動黨和其他主要的反對黨成立馬來西亞人民團結總機構，要求建立「馬來西亞人的馬來西亞」。巫統黨內激進人士非常不滿李光耀的行為，甚至要求東姑將他逮捕。東姑怕紛爭將會進一步惡化，決定將新加坡驅逐出馬來西亞聯邦。1965年8月9日，馬來西亞國會以126票贊成、0票反對，同意將新加坡驅逐出聯邦，李光耀為此落淚。新加坡共和國正式成立，李光耀為總理，尤索夫·伊薩為總統。
