印尼首任总统苏加诺，奉行大印尼主义，反对马来西亚独立
马来族对与印尼合并也缺乏兴趣，当时印尼人口已达8500万，马来殖民地的人口不足其十分之一，印尼无疑将在合并后的新政府中获得主导权，马来族的地位会被削弱。而且马来殖民地的富裕程度远高于印尼，合并必定会受到拖累。这些都是“泛马来主义”得不到支持的主要原因。
1961年以后，马来亚联合邦提出建立“马来西亚”国家，开始与新加坡、文莱、北加里曼丹进行谈判。印尼总统苏加诺公开表示反对，认为这是英国人的阴谋，再次要求英属马来殖民地与印尼合并。
马来西亚国徽由国旗和13个州的州旗组成，象征着各洲的团结
尽管文莱没有加入，马来西亚国家还是在1963年9月成立了，新加坡和北加里曼丹都成为马来西亚的一部分。与此同时，印尼反对马来西亚独立的行动也上升到了武装冲突。
印尼和马来西亚虽然没有宣战，但战斗颇为激烈，主要发生在加里曼丹岛上，两国各占有该岛的一部分，因而成为印尼的首要攻击目标。印尼人还在新加坡等地发动袭击，局势一度非常紧张。
苏加诺下台使大印尼主义被严重削弱，印尼开始重返国际社会
1964年12月，为了反对马来西亚加入联合国，印尼一怒之下退出联合国以示抗议，这是联合国迄今为止唯一一个曾经退出的国家。不仅如此，苏加诺还提议全球受西方压迫国家重新成立一个“新的联合国”，对抗这个西方主导的联合国。但没有得到多少国家响应。
1965年马来西亚的“反印尼渗透”示威
眼看冲突不断加剧，英国、美国和澳新出动军队支援马来西亚，迫使印尼在1966年3月停止了军事行动。苏加诺总统也被迫下台，由苏哈托接任，这标志着“大印尼主义”遭到失败。
直到1975年，印尼政府才重返联合国，先后与马来西亚、新加坡和文莱建交。新加坡则在1965年从马来西亚独立，文莱此时仍在英国的保护之下，印尼似乎已经接受了这个现实。
东帝汶是葡萄牙殖民地，位于马来群岛的南部
不过，“大印尼主义”并没有完全从印尼政坛和民间消失，同样在1975年的11月，葡萄牙殖民地东帝汶宣布独立，印尼很快派兵占领东帝汶，宣布其成为自己的一个省。
虽然东帝汶与印尼同属一个民族，也存在主张与印尼合并的政治派别，但是历经数百年殖民统治，东帝汶人已经改信天主教，拥有强烈的独立意愿。东帝汶争取独立的武装斗争一直持续到1999年，造成了很大的人道主义灾难。最终在联合国的斡旋下，东帝汶于2002年二次独立。
东帝汶为独立付出数十万人伤亡的代价，决心极其坚决
事实证明，“大印尼主义”并不受周边各国的欢迎，由古马来人演化而来的细分民族多达200个以上。印尼本身是由荷兰殖民者强行整合起来的国家，主体民族爪哇族只占总人口的45%，整合国内各民族尚有一定困难。印尼至今仍存在多股分离势力，更不要说整合其他的国家和民族了。
即使如此，印尼仍然是东南亚体量最大的国家，人口（2.7亿）和国土面积都排在第一位。此外，印尼连接着太平洋与印度洋，海域极其辽阔，战略位置非常重要，因而是东盟最重要的国家之一。
印尼有很多人在马来西亚打工，是印尼的主要外汇收入之一
目前，“大印尼主义”已经在其国内失去市场，得不到各个政治派别的支持。虽然印尼与马来西亚还有一些领海纠纷，但双方的外交关系还算正常，大量印尼人愿意到更富裕的新加坡和马来西亚务工，对彼此的经济发展和人文交流都有很大的促进作用。
印尼国家博物馆里展示“大马来世界”的地图
长期作者｜霈霖
