印尼首任總統蘇加諾，奉行大印尼主義，反對馬來西亞獨立
馬來族對與印尼合併也缺乏興趣，當時印尼人口已達8500萬，馬來殖民地的人口不足其十分之一，印尼無疑將在合併後的新政府中獲得主導權，馬來族的地位會被削弱。而且馬來殖民地的富裕程度遠高於印尼，合併必定會受到拖累。這些都是「泛馬來主義」得不到支持的主要原因。
1961年以後，馬來亞聯合邦提出建立「馬來西亞」國家，開始與新加坡、汶萊、北加里曼丹進行談判。印尼總統蘇加諾公開表示反對，認為這是英國人的陰謀，再次要求英屬馬來殖民地與印尼合併。
馬來西亞國徽由國旗和13個州的州旗組成，象徵著各洲的團結
儘管汶萊沒有加入，馬來西亞國家還是在1963年9月成立了，新加坡和北加里曼丹都成為馬來西亞的一部分。與此同時，印尼反對馬來西亞獨立的行動也上升到了武裝衝突。
印尼和馬來西亞雖然沒有宣戰，但戰鬥頗為激烈，主要發生在加里曼丹島上，兩國各占有該島的一部分，因而成為印尼的首要攻擊目標。印尼人還在新加坡等地發動襲擊，局勢一度非常緊張。
蘇加諾下台使大印尼主義被嚴重削弱，印尼開始重返國際社會
1964年12月，為了反對馬來西亞加入聯合國，印尼一怒之下退出聯合國以示抗議，這是聯合國迄今為止唯一一個曾經退出的國家。不僅如此，蘇加諾還提議全球受西方壓迫國家重新成立一個「新的聯合國」，對抗這個西方主導的聯合國。但沒有得到多少國家響應。
1965年馬來西亞的「反印尼滲透」示威
眼看衝突不斷加劇，英國、美國和澳新出動軍隊支援馬來西亞，迫使印尼在1966年3月停止了軍事行動。蘇加諾總統也被迫下台，由蘇哈托接任，這標誌著「大印尼主義」遭到失敗。
直到1975年，印尼政府才重返聯合國，先後與馬來西亞、新加坡和汶萊建交。新加坡則在1965年從馬來西亞獨立，汶萊此時仍在英國的保護之下，印尼似乎已經接受了這個現實。
東帝汶是葡萄牙殖民地，位於馬來群島的南部
不過，「大印尼主義」並沒有完全從印尼政壇和民間消失，同樣在1975年的11月，葡萄牙殖民地東帝汶宣布獨立，印尼很快派兵占領東帝汶，宣布其成為自己的一個省。
雖然東帝汶與印尼同屬一個民族，也存在主張與印尼合併的政治派別，但是歷經數百年殖民統治，東帝汶人已經改信天主教，擁有強烈的獨立意願。東帝汶爭取獨立的武裝鬥爭一直持續到1999年，造成了很大的人道主義災難。最終在聯合國的斡旋下，東帝汶於2002年二次獨立。
東帝汶為獨立付出數十萬人傷亡的代價，決心極其堅決
事實證明，「大印尼主義」並不受周邊各國的歡迎，由古馬來人演化而來的細分民族多達200個以上。印尼本身是由荷蘭殖民者強行整合起來的國家，主體民族爪哇族只占總人口的45%，整合國內各民族尚有一定困難。印尼至今仍存在多股分離勢力，更不要說整合其他的國家和民族了。
即使如此，印尼仍然是東南亞體量最大的國家，人口（2.7億）和國土面積都排在第一位。此外，印尼連接著太平洋與印度洋，海域極其遼闊，戰略位置非常重要，因而是東協最重要的國家之一。
印尼有很多人在馬來西亞打工，是印尼的主要外匯收入之一
目前，「大印尼主義」已經在其國內失去市場，得不到各個政治派別的支持。雖然印尼與馬來西亞還有一些領海糾紛，但雙方的外交關係還算正常，大量印尼人願意到更富裕的新加坡和馬來西亞務工，對彼此的經濟發展和人文交流都有很大的促進作用。
印尼國家博物館裡展示「大馬來世界」的地圖
長期作者｜霈霖
