（1）轉讓定價調查風險
跨國企業為提高核心競爭力，通過全球內部供應鏈整合集團資源實現協同效應，其面臨的突出稅務問題是集團間關聯交易的轉讓價格。從稅務風險管控的角度，集團之間的關聯交易，應重點分析其是否具有合理商業目的與經濟實質，是否遵循獨立交易原則;應從交易雙方分別進行受益性分析，查看交易的真實性和必要性，確認並非重複提供或重複支付、並未從其他關聯交易中獲取補償，且為接受方創造價值，否則，可能面臨轉讓定價風險。
(2)受控外國企業調查風險
新加坡是全球知名的低稅率國家，企業所得稅實行 17%的低稅率，並享有各種扣除，股息或資本利得不納稅。企業投資新加坡，除考慮投融資平台外，通常還會考慮設立資產管理公司，以其名義持有的股份、資金和無形資產獲取股息、利息和特許權使用費等消極所得，相關所得繳納稅款較低甚至不繳納稅款，相關利潤長期留存公司帳面不做利潤分配匯回，實現延遲納稅，甚至長期體外循環尋求永遠不納稅。從稅務風險管控角度，資產管理公司名義持有的資產是否符合經營實質、是否構成受控外國企業均為相關國家稅務當局關注的重點。當下各國對境外所得稅務管理日益加強， 受控外國企業認定標準越來越寬泛，境外企業納入管理範圍越來越寬，積極所得與消極所得劃分標準日趨複雜，境外所得納入調整對象越來越多， 企業應更加關注巨額境外所得長期不分配的合理性。
(3)資本弱化認定風險
跨國企業綜合考慮兩國稅制差異與投資回收方式後，通常會通過實施全球範圍的目標資本結構(即加權平均資本成本最小的資本結構)，謀求集團利潤最大化。根據新加坡稅法規定，新加坡目前尚未對資本弱化出台相關法規，跨國企業在新加坡經營暫無資本弱化風險，但仍需給予一定的關注。
(4)混合錯配風險
混合錯配安排是指利用兩個或兩個以上稅收管轄區對同一混合實體或混合工具在稅務處理上的差異，產生稅收結果錯配，從而減少參與方總體稅負的安排。混合錯配安排可能導致一方扣除而另一方不計收入、雙重扣除和間接性一方扣除、另一方不計收入。在經濟全球化的環境下，各國政府將傾向於採取嚴厲措施來解決稅基侵蝕與利潤轉移的現象，中和混合錯配安排的效應。因此，從稅務風險管控角度，跨國集團在今後的稅收籌劃里應充分考慮混合錯配行動計劃的相關規定，有效防範稅收風險。
(5)無形資產風險
研發環節最為突出的稅務問題是所研發技術性無形資產的權利歸屬。跨國企業通常以合約轉移、功能剝離等形式將集團無形資產或相關權利轉移至無商業實質的公司、低稅或無稅地區、旨在獲取專項稅收優惠的主體運營公司等。從稅務風險管控角度，當前多數國家(地區)傾向從全球價值鏈和價值貢獻角度(而非法定所有人角度)分析，確定無形資產相關利潤歸屬，企業上述運作模式潛在巨大稅務風險。其中，併購重組後既有無形資產與未來待開發無形資產的利潤分割亦受到關注。
(6)非境內註冊居民企業認定風險
一般來說，各國企業所得稅法通常將納稅人區分為居民企業和非居民企業。居民企業負有無限納稅義務，應就全球範圍內的所得在註冊國交稅; 而非居民企業僅負有限納稅義務。投資於新加坡的企業是中國的居民企業，還是投資所在國的居民企業，其身份認定的不同，會直接導致企業納稅義務的不同。由於不同國家(地區)對居民企業的認定標準有所差異，因此在給企業選擇納稅身份提供了一定稅收籌劃空間的同時，也為企業帶來了很大的稅收風險，如果不從企業全局利益出發進行納稅人身份認定，企業很有可能會而臨重複徵稅的風險。
