9月2日，新加坡再次爆发种族冲突事件，共有13人在这次事件中身亡，105人受伤。
1965年5月3日，李光耀发表讲话，宣称“马来人……三分之一的新移民是最近100年内移来的”。
他的讲话被认为是对马来亚人的公开歧视，是火上浇油。
巫统内的激进分子甚至主张对李光耀绳之以法，对他实施逮捕。
如此一来，一场大规模的种族冲突将会在联邦爆发，毕竟马来西亚也有400万华人。
但作为温和派的首相东姑经过反复权衡之后，作出了痛苦的决定：好聚好散，把新加坡从联邦之后“请出去”。
日后，东姑回忆道，“我已经在早些时候向作为李先生代理人的吴庆瑞先生提到过，唯一的选择是分开。”
但李光耀并不愿意分开，他动情地说“我不可能是一个马来人，但我可以是个马来西亚人，我希望是建立一个包含多元种族的马来西亚。”
但东姑的决心已定：“我打定了主意，我们各走各的路，互不打扰。”
1965年8月9日上午10时，新马分离议案在马来西亚国会以120:0的表决结果获得通过。
实际上，新加坡是被开除出了马来西亚联邦，大大出乎新加坡领导人李光耀的预料。
据报道，当李光耀向新闻界宣布新加坡独立的时候，声音哽咽，“因为他半生为之奋斗的理想破灭了”。
他甚至说“1965年8月9日对新加坡人民来说，不是什么值得庆祝的日子”。
李光耀当时对新加坡的前途非常悲观，他在回忆录中写道：
“前途是渺茫的……我们分了出来，一切都得靠自己。”
但是新加坡虽然资源贫乏，但是地理上有得天独厚的优势，是连接印度洋与太平洋的马六甲海峡的出入口。因此新加坡以航运、转口贸易为依托，大力发展商业、通讯和旅游业，经济蓬勃发展，创造了积极奇迹，把马来西亚远远地甩在后面。
那么，马来西亚人会后悔吗？肯定不会后悔。
因为两国的民族结构不同，宗教文化矛盾突出，联邦的存在会影响到经济发展。
马来西亚联邦跟美利坚联邦不同，美国建国初期大多数居民都来自英国，种族和文化差异不大。
后来美国虽然成为一个多种族国家，但移民是渐进的，后来的移民得到了融合。而马来西亚和新加坡原本不是一个国家，联邦在成立之初，就有华人和马来人两大族群，马来人和华人种族不同，宗教不同，文化和价值观也截然不同；如果不分开的话，民族矛盾无法调和，利益分配难以让各方满意，势必会引起社会长期动荡，两地的经济也难以健康发展。
可以确定地说，如果当年不分家的话，马来亚联邦的经济不但不能达到新加坡那样的水平，甚至连马来西亚现在的水平也难以达到。
不管怎么说，两国能和平分手，没有像巴基斯坦和孟加拉那样大打出手，对两国人民来说何尝不是一件好事，有什么可后悔的？
