1965年新加坡獨立後首任總理李光耀要求日本為1942年的「肅清事件」做出戰爭賠償，日本一開始拒絕賠償，後來承認受害者人數約5千人，新加坡政府則認為至少有7萬人，雙方經過多次會談，最終日本答應賠款5000萬美元，但不附帶官方道歉。
1942年日軍占領新加坡
1942年2月15日日軍占領新加坡，18日開始肅清行動，早在前一年的12月，日軍第25軍就印發了《海外華人處理指導方針》，將以下幾種人列入肅清之列：1，國籍援華機構的人員，2，同情援助中國抗戰的新加坡富裕階層，3，華僑領袖陳嘉庚的追隨者，4，海南人，意為祖籍中國海南的移民，5，1937年後，移民新加坡的中國人，6，三合會人員（三合會前身天地會是反清復明組織，編者注），7，加入新加坡義勇軍的中國人，由此可見這份文件日軍花費了心思，參與計劃者包括軍人，政治家甚至歷史學家，當然還有當時「大名鼎鼎的」大本營參謀辻政信中佐。
陷落後的新加坡
新加坡陷落時有華人約25萬，第一批被捕的就達到了5萬人，負責審訊的是日軍第2戰地憲兵隊的200名軍官和1000名士兵，他們對18-50歲的華人男性逐個篩查，符合上面幾點的馬上處決，後來擴大了篩查範圍，華人婦女兒童如果有反日言論的也會被一樣對待，再後來乾脆問一個問題：「支持蔣介石還是汪精衛」，回答慢的馬上被處決，到最後什麼標準都不要了，完全按照日本軍官的感覺處決嫌疑人，僥倖過關的人臉上會被蓋一個藍色的印章「審核通過」。
2009年李光耀在接受發採訪時回憶道：「當時我很年輕，個子也高，他們逼我下跪，用軍靴踹我，我能活下來全靠運氣，他們殺了至少7萬人，或者9萬，我從來都不懷疑那兩顆原子彈的必要性，如果沒有它們，成千上萬的新加坡和馬來西亞的華人會被他們殺光」。
二戰勝利後英國當局重返新加坡，1947年開始對日本戰犯進行審判，但很快遇到了難題，戰敗前日軍已經銷毀了所有文件，而且大多數屠殺命令都是通過口頭傳達的，主犯辻政信中佐因此逃回了日本，然而，還是有親英美的日本人存在，新加坡日本使館前任外交官新崎真守站出來指認大屠殺兇手，他的證詞讓131名日軍軍官得到了懲罰。
新加坡光復後被俘的日軍
回到文章開頭的戰爭賠償問題，1963年李光耀的首次賠償要求被日本拒絕，理由是他們已經在1951年與英國政府簽訂了賠償協議，那時候新加坡還是英國的殖民地，李光耀反駁：「新加坡的事情只有新加坡人說了算」，1965年新加坡獲得完全獨立後再次提出賠償要求，日本政府在國際壓力下同意了賠償（中國政府參與了抵制日貨活動），共計向新加坡提供5000萬美元的資金，理由卻不是大屠殺也不是賠款，而是返還當年在占領區強行發行的國債。
日本發行戰時國債
在賠償問題談判中，日本總是會提到1951年和英國政府的協議，日本為什麼視已經沒落的大英帝國馬首是瞻，看下面的圖或許能了解一二。
上圖拍攝於1947年新加坡戰犯審判期間，拿著棍子的是英國典獄長弗朗西斯上尉，四名幾乎全裸的囚犯全部是日本將軍，從左至右，馬來亞日軍指揮官齋藤少將，強迫戰俘修路的宮澤少將，新加坡樟宜的指揮官朝永少將，以及尾形少將，他們在關押期間每當記者參觀時，就被要求脫衣拍照。
