最终，东姑在英国人和李光耀的两面劝说下，接受了新加坡加入马来西亚的提议。
1962年，李光耀在新加坡抛出了加入马来西亚的“公投”，公投给了选民们A、B、C三种选项，区别是加入马来西亚后，新加坡的自治程度不同。
神奇的是，本次公投并没有给选民拒绝加入马来西亚的选择。社阵因此号召民众投出“空白票”，抵制本次投票。
不过，李光耀“魔高一丈”，他早就预料到社阵的这个反应，因此事先在选举规则中加入条文，“空白票就是选民拿不定主意，将计入得票最多的选项”。
在公投辩论中，PAP与社阵双方的宣传机器全开。结果，7成民众把票投给了自治程度最高的“A选项”，空白票仅占1/4。
新加坡加入马来西亚，大局已定。
这场失败，不禁让社阵成员有些气馁，不过他们彼时还不知道，一场更大的灾祸，即将到来……
1963年2月2日，农历新年前夕，东姑手下的300名马来亚警察与特工，悄悄聚集在新加坡对岸的柔佛州。
3点一刻刚过，这批警察就趁著夜色的掩护，渡过新柔长堤，潜入到新加坡。他们按照名单，挨家挨户地搜查、逮捕社阵骨干成员。
这场由新、马、英三方联合发起的大清洗，被称为“冷藏行动”。
这个深夜里，李光耀并没有睡着。出于过去的友谊，和对林清祥品格的尊重，他给林发出去一封信，表明同意他逃到同情共产党的印尼或其他地方去。
不过不出李光耀所料，林清祥并不接受这份“好意”，他表示不能离弃自己的同志。
紧接着，林清祥等113名社阵骨干被逮捕，李光耀的政治反对力量被一举摧毁。
“冷藏行动”报道
半年后的9月16日，新加坡正式加入马来西亚联邦。5天后举行新一届大选，李光耀的带领下的PAP重新回到多数党地位。
从此新加坡国内，李光耀再也无人可以阻挡，他在总理的位置上，之后一坐就是30年。
龙游浅滩
马来西亚国父东姑·阿都拉曼，是出身于“封建时代”的人。作为马来亚一位贵族苏丹的儿子，东姑本人骄傲自负，容不下不同意见，甚至打牌输了钱都要大发雷霆。
马来西亚国父 东姑·阿都拉曼
这样的一个人，骨子里刻着“马来人至上”主义。
由于历史上马来人多从事农业，不善于从商，让“下南洋”的华人掌控了主要社会财富。因此华人成了马来亚当地人眼中的“犹太人”、眼中钉。
为了照顾民族情绪，东姑统治下的马来亚，采取明目张胆的歧视性政策：马来人有固定配额的教育奖学金、公务员职位、经商牌照，华人和印度人沦为二等公民……
然而随着新加坡的加入，这一切变得动摇起来。
新加坡加入马来西亚联邦后，联邦人口变为了马来人40%、华人40%、印度人10%、其他种族10%的结构，华人严重威胁到了马来人的主体地位。
更重要的是，李光耀带领下的PAP，虽然尊东姑为国家领袖，却根本不听从东姑的号令，这引起了后者的猜忌。
1964年，东姑与李光耀之间的裂痕进一步加深。当年马来西亚联邦大选，李光耀派数个得力要员赴槟城等马来亚华人城市参选，严重动摇了巫统执政联盟的根基。
虽然最后仅有1位PAP议员成功当选，东姑还是视李光耀为最有力的竞争者，而李的“多元种族、平等共处”理念，则是进攻“马来人至上”的洪水猛兽。
因此，东姑决心要将新加坡踢出联邦。
为他施行这一计划的打手，是他手下的秘书长、有“巫统之狮”之称的赛加法阿巴（简称“阿巴”）。
阿巴不断在巫统控制的民族主义报纸《马来前锋报》上攻击李光耀，称他“污蔑东姑为无能的领袖”、“新加坡马来人最穷困”、“1500个新加坡马来人被政府强拆”。
到最后，阿巴直接在报纸上声称，李光耀要把马来人赶出马来西亚。
如果说阿巴在报纸上的污蔑算得上“过火”，那么他在线下组织的演讲，则可以被称做“疯狂”。
在1964年中的马来政党大会上，阿巴激动地宣讲到：“无论是一个李光耀、还是一千个李光耀……我们能够把他们干掉”“我们要告诉李光耀：你给我住口!”。
在台下，巫统的狂热粉丝们，则高呼著“杀死他……杀死他……李光耀……李光耀……”
尽管李光耀试图与之对质、缓和民族矛盾，但阿巴连续数月的煽风，最终还是引燃了种族暴力的烈火。
当年7月、先知穆罕默德生日的那一天，2万名穆斯林游行到新加坡芽笼地区时，部分巫统年轻人开始攻击当地的华人居民。
种族暴乱很快蔓延开来，最后有4人被杀、178人受伤，20家商店被烧毁。9月份，新加坡又爆发了第二轮骚乱，13人被杀、106人受伤。
1964年新加坡种族暴乱
骚乱之后，新加坡的华人居民出于安全考虑，也强烈要求李光耀当局退出马来西亚联邦。
来自吉隆坡和新加坡的压力，让李光耀别无选择。最终，吉隆坡议会以128票对0票的压倒性结果，将新加坡踢出了马来西亚联邦，来自新加坡的议员们无力挽救，只能以缺席表示抗议。
1965年8月9日，新加坡正式宣告独立。
在宣布独立的记者会上，李光耀回顾了过去两天在吉隆坡同东姑会谈的经过。他说：
“……每当我回顾签署协议，使新加坡脱离马来西亚的那个时刻，我们总会感到痛苦，因为我一辈子都相信合并和两地统一。地理、经济和亲属关系把人民联系在一起……”
说着说着，李光耀这个硬汉不禁留下了眼泪。这是他这辈子第二次，也是最后一次痛哭。（第一次在母亲过世）
新加坡被迫退出马来西亚 李光耀流泪
李光耀是孤独的，没有人能理解他的悲痛。这一天，华人区不少商户都挂灯笼、放鞭炮，庆祝新加坡脱离了一个霸道的中央政府。
只有李光耀知道，对于新加坡来说，没有马来西亚作为经济腹地，新加坡这个转口贸易城邦，将无处生存。
而对于他自己，李光耀欲借马来西亚之力，主宰东南亚的政治野心从此破灭。他远大的政治抱负，将不得不困在区区几百万人口的新加坡城。
此后60年，便是李光耀在这个小城，“螺蛳壳里做道场”的故事。
龙游浅滩，雄鹰折翼。
