最終，東姑在英國人和李光耀的兩面勸說下，接受了新加坡加入馬來西亞的提議。
1962年，李光耀在新加坡拋出了加入馬來西亞的「公投」，公投給了選民們A、B、C三種選項，區別是加入馬來西亞後，新加坡的自治程度不同。
神奇的是，本次公投並沒有給選民拒絕加入馬來西亞的選擇。社陣因此號召民眾投出「空白票」，抵制本次投票。
不過，李光耀「魔高一丈」，他早就預料到社陣的這個反應，因此事先在選舉規則中加入條文，「空白票就是選民拿不定主意，將計入得票最多的選項」。
在公投辯論中，PAP與社陣雙方的宣傳機器全開。結果，7成民眾把票投給了自治程度最高的「A選項」，空白票僅占1/4。
新加坡加入馬來西亞，大局已定。
這場失敗，不禁讓社陣成員有些氣餒，不過他們彼時還不知道，一場更大的災禍，即將到來……
1963年2月2日，農曆新年前夕，東姑手下的300名馬來亞警察與特工，悄悄聚集在新加坡對岸的柔佛州。
3點一刻剛過，這批警察就趁著夜色的掩護，渡過新柔長堤，潛入到新加坡。他們按照名單，挨家挨戶地搜查、逮捕社陣骨幹成員。
這場由新、馬、英三方聯合發起的大清洗，被稱為「冷藏行動」。
這個深夜裡，李光耀並沒有睡著。出於過去的友誼，和對林清祥品格的尊重，他給林發出去一封信，表明同意他逃到同情共產黨的印尼或其他地方去。
不過不出李光耀所料，林清祥並不接受這份「好意」，他表示不能離棄自己的同志。
緊接著，林清祥等113名社陣骨幹被逮捕，李光耀的政治反對力量被一舉摧毀。
「冷藏行動」報道
半年後的9月16日，新加坡正式加入馬來西亞聯邦。5天後舉行新一屆大選，李光耀的帶領下的PAP重新回到多數黨地位。
從此新加坡國內，李光耀再也無人可以阻擋，他在總理的位置上，之後一坐就是30年。
龍游淺灘
馬來西亞國父東姑·阿都拉曼，是出身於「封建時代」的人。作為馬來亞一位貴族蘇丹的兒子，東姑本人驕傲自負，容不下不同意見，甚至打牌輸了錢都要大發雷霆。
馬來西亞國父 東姑·阿都拉曼
這樣的一個人，骨子裡刻著「馬來人至上」主義。
由於歷史上馬來人多從事農業，不善於從商，讓「下南洋」的華人掌控了主要社會財富。因此華人成了馬來亞當地人眼中的「猶太人」、眼中釘。
為了照顧民族情緒，東姑統治下的馬來亞，採取明目張膽的歧視性政策：馬來人有固定配額的教育獎學金、公務員職位、經商牌照，華人和印度人淪為二等公民……
然而隨著新加坡的加入，這一切變得動搖起來。
新加坡加入馬來西亞聯邦後，聯邦人口變為了馬來人40%、華人40%、印度人10%、其他種族10%的結構，華人嚴重威脅到了馬來人的主體地位。
更重要的是，李光耀帶領下的PAP，雖然尊東姑為國家領袖，卻根本不聽從東姑的號令，這引起了後者的猜忌。
1964年，東姑與李光耀之間的裂痕進一步加深。當年馬來西亞聯邦大選，李光耀派數個得力要員赴檳城等馬來亞華人城市參選，嚴重動搖了巫統執政聯盟的根基。
雖然最後僅有1位PAP議員成功當選，東姑還是視李光耀為最有力的競爭者，而李的「多元種族、平等共處」理念，則是進攻「馬來人至上」的洪水猛獸。
因此，東姑決心要將新加坡踢出聯邦。
為他施行這一計劃的打手，是他手下的秘書長、有「巫統之獅」之稱的賽加法阿巴（簡稱「阿巴」）。
阿巴不斷在巫統控制的民族主義報紙《馬來前鋒報》上攻擊李光耀，稱他「汙衊東姑為無能的領袖」、「新加坡馬來人最窮困」、「1500個新加坡馬來人被政府強拆」。
到最後，阿巴直接在報紙上聲稱，李光耀要把馬來人趕出馬來西亞。
如果說阿巴在報紙上的汙衊算得上「過火」，那麼他在線下組織的演講，則可以被稱做「瘋狂」。
在1964年中的馬來政黨大會上，阿巴激動地宣講到：「無論是一個李光耀、還是一千個李光耀……我們能夠把他們幹掉」「我們要告訴李光耀：你給我住口!」。
在台下，巫統的狂熱粉絲們，則高呼著「殺死他……殺死他……李光耀……李光耀……」
儘管李光耀試圖與之對質、緩和民族矛盾，但阿巴連續數月的煽風，最終還是引燃了種族暴力的烈火。
當年7月、先知穆罕默德生日的那一天，2萬名穆斯林遊行到新加坡芽籠地區時，部分巫統年輕人開始攻擊當地的華人居民。
種族暴亂很快蔓延開來，最後有4人被殺、178人受傷，20家商店被燒毀。9月份，新加坡又爆發了第二輪騷亂，13人被殺、106人受傷。
1964年新加坡種族暴亂
騷亂之後，新加坡的華人居民出於安全考慮，也強烈要求李光耀當局退出馬來西亞聯邦。
來自吉隆坡和新加坡的壓力，讓李光耀別無選擇。最終，吉隆坡議會以128票對0票的壓倒性結果，將新加坡踢出了馬來西亞聯邦，來自新加坡的議員們無力挽救，只能以缺席表示抗議。
1965年8月9日，新加坡正式宣告獨立。
在宣布獨立的記者會上，李光耀回顧了過去兩天在吉隆坡同東姑會談的經過。他說：
「……每當我回顧簽署協議，使新加坡脫離馬來西亞的那個時刻，我們總會感到痛苦，因為我一輩子都相信合併和兩地統一。地理、經濟和親屬關係把人民聯繫在一起……」
說著說著，李光耀這個硬漢不禁留下了眼淚。這是他這輩子第二次，也是最後一次痛哭。（第一次在母親過世）
新加坡被迫退出馬來西亞 李光耀流淚
李光耀是孤獨的，沒有人能理解他的悲痛。這一天，華人區不少商戶都掛燈籠、放鞭炮，慶祝新加坡脫離了一個霸道的中央政府。
只有李光耀知道，對於新加坡來說，沒有馬來西亞作為經濟腹地，新加坡這個轉口貿易城邦，將無處生存。
而對於他自己，李光耀欲借馬來西亞之力，主宰東南亞的政治野心從此破滅。他遠大的政治抱負，將不得不困在區區幾百萬人口的新加坡城。
此後60年，便是李光耀在這個小城，「螺螄殼裡做道場」的故事。
龍游淺灘，雄鷹折翼。
