1963年，南洋大學迎來了「後陳六使時代」。1963年9月16日，馬來亞聯合邦、沙撈越、沙巴和新加坡，共同組成了馬來西亞，新加坡成為這個新國家的一個州。政治的驟變把陳六使卷進旋渦，9月22日晚，尚未組閣的新加坡政府宣布褫奪南大理事會主席陳六使的公民權。三天後，為南洋大學奉獻了整整十年的陳六使，向理事會辭去主席一職。
陳六使
陳六使時代與後陳六使時代有著巨大的差異，在這一點上，我們更能體會出陳六使為了南洋大學長期盤恆於政商學三界的不易。陳六使辭任後，1963年10月5日，大學理事會不得不接受指令改組南洋大學。到了1964年7月10日，南大臨時校內行政委員會舉行移交儀式，接受校長印信及各項重要文件。從此之後，另一股力量參與進南洋大學的管理，我們可以把後陳六使時代稱之為「艱辛時代」，因為相比之下，陳六使時代的南洋大學雖然遭受著種種非難，但整體還是意氣風發，到了後陳六使時代的南洋大學，即使還有很多教職員工，努力捍衛著這所大學的「初心」，1970年，時任南洋大學校長的黃麗松博士撰寫了《在發展中國家裡成長的南洋大學》，他說，南洋大學的優勢在於「一開始就認定以東方文化為基礎」，在他的任期里，南洋大學的學術研究層面有了長足的發展，但南洋大學「黑雲壓城城欲摧」的氣氛，在1963年之後就沒有消失過。
黃麗松博士
離開南洋大學之後，陳六使有時還會對南洋大學的校務發聲，但今非昔比。雲南園已經不是當年的雲南園。他眼睜睜地、沉默地，看著自己當年的理想，漸行漸遠……
1964年8月，嚴思曾寫了一首《在寒星蕭索的夜晚》，歌詠早期南洋大學的地標之一「水塔」：
「我要走了，走了……/在寒星蕭索的夜晚裡我要想你/用不變的心/用不變的愛情/在今後火海刀山的日子裡啊/水塔，願我們/在祖國蒼茫的天空里/發出勇猛的力量……」
讀起這首詩，我們會想，嚴思筆下的水塔，真的只是那座塔嗎？陳六使不就是長久屹立於南洋大學的水塔嗎，他的信念，他的「使命」，始終在提醒南洋大學的千萬校友們，你們所應該傳承、應該奮鬥、應該護衛的究竟是什麼？是中華文化的血脈，是民族文化的根基……
有一些南洋大學學生，因為各種原因對陳六使抱有有趣的敵意。1966年，一位南洋大學校友聲稱，陳六使承諾為南洋大學捐出500萬元，卻還拖欠250萬元；福建會館認捐的60萬元還欠40萬元；《南洋商報》承諾給大學100萬元，兌現的卻只有9萬4千元。這成為質疑陳六使「背信」的有力證據。這位東郭校友，真可謂算得一筆好帳。但陳六使在捐款時就已經說明，他認捐的數額並非一次性捐出的，另外，1963年起，南洋大學已經不再是那個陳六使和福建會館，以及華人社會所理想的南洋大學。它應要求不斷改組，它的發展方向模糊不清，它拿什麼來要求陳六使履行承諾呢？
一艘大船，緩緩調轉了航向。
1972年7月29日 南洋大學舉行第十三屆畢業典禮。這是一屆特殊的畢業典禮，因為南洋大學研究院的第一屆博士及碩士正式畢業。在黃麗松校長的領導之下，南洋大學證明了自己的學術水平。但是此時的陳六使，即將走完他76年人生之路。
一個半月之後的9月11日，76歲的陳六使因心臟病突發不幸去世，新馬各界深感悲痛。南大校友敬獻的輓聯上寫著:「含辛茹苦，創南大，一擲萬金無吝色；白手起家，辦教育，千錘百鍊育英才。」包括南大師生在內的6000人為陳六使送行，在陳六使的靈柩上，覆蓋著南洋大學校旗。16年前，正是陳六使主持了升旗儀式，宣布南洋大學開學。那時候的他和那時候的南洋大學一樣意氣風發。16年後，斯人已逝，空留迴響。
作為一個橡膠商人，他無疑是成功的，但他最成功之處並不在於商場，而在於這所寄託百萬華人希望的南洋大學。如今也許很少有人還記得曾經叱吒風雲的益和樹膠公司，但只要南洋大學的牌坊還豎立在雲南園，人們就一定會記得他這位南洋大學的創辦人。
我們可以回憶起那些特殊的「陳六使」時刻：
陳六使六十壽辰時，南洋大學學生會致信說：
「正當華文教育遭受極大迫害之際，先生奮力號召南洋各界人士起來創建南洋唯一華文大學(事實上也是海外華人有史以來自己創辦的第一間規模完備的大學)，以維護及發揚中華文化，在這偉大的工作中，先生始終以任勞任怨的精神，積極領導各界人士，克服重重困難，共同為創造南洋大學而努力，南洋大學有今日，光生之功績是不可估計的，先生之令名將與南洋大學同垂永遠。」
1953年7月26日中午12時，執委會主席陳六使在雲南園主持大學築路工程動土典禮，他以歡快的口吻說：
「今日是南洋大學動土之期，兄弟在此主持，感到非常興奮，吾人已在此播下文化種子，吾華人之文化在馬來亞將與日月同光與天地共存，中國人之文化是不會被消滅的，吾人在馬之文化，正如馬來亞一樣應該永遠地存在。去年兄弟鑒於華人文化存有危機，不得不極力提倡創辦南洋大學，目的在使吾人之文化能在本地永遠持續，各位今日看到此地帶系一片荒野，但此地實系中華文化在此生根之處，永遠存在，永不消失。」
中華文化將在南洋「永遠存在，永不消失」，而陳六使「之令名將與南洋大學同垂永遠」，這是多麼美好的期待，也是多麼美好的祝福，它寄託著多少信心。陳六使已逝，南洋大學已殞，但他的貢獻將始終銘記在新加坡的藍天碧海，與日月同光。
陳六使的去世，仿佛暗示著一個時代的結束。
六十年代初時，南洋大學學生們看到校園中的相思樹時，寫的詩是這樣的：
「雲南園的花朵已怒放了/沐浴在金黃色的清晨里/不知多少次我挾著書本走過去/ /相思樹的青葉還在滾著珠水 /垂彎著腰歡迎我的到來/我常常漫步在相思樹邊的小路上。」(《我的歌呵，你從雲南園飛出去》，作於1961年)
到了七十年代，關校的陰影之下，南洋大學的學生們再看到相思樹時，他們寫的詩是這樣的：
我們有無盡的相思/一陣微風，葉與葉拍擊/聒噪著，以我們的語言/在這樣黯然，光芒微弱的年代。（南子《相思樹》，作於1970年代）
1973年底，南洋大學被要求停止在大馬招生，生源愈發萎縮。1975年，原教育部長李昭銘就任南洋大學校長，強力推動教育改革，除中華語文科外，全部課程改用英語教學。南洋大學成為一所「副牌的英文大學」，失去了從建校以來頂住重重壓力才保住的特色：以中文為主要授課語言。但李光耀還是說：
「在南大理事會一致同意下，我於1975年3月派教育部長李昭銘到南大出任校長。他的任務是嘗試把南大變成雙語大學，但是不成功，因為雲南園的華文氛圍太根深蒂固，師生陷在完全用華文的環境太深，絲毫改變不了。這個任務對李昭銘太過艱難，他只堅持了17個月就離開了。」
1978年3月4日，南大理事會和新大理事會發表聯合聲明，宣布由本學年起兩間大學建立聯合校園，這樣南大學生能夠在講英語環境里學習，從而提高英文水平。
1980年4月5日，南大理事會發表聲明，決定接受李光耀的建議，把新大與南大合併為「新加坡國立大學」。1980年4月10日，李光耀致信說：
「我相信讓南大象徵繼續保存下去對我國是有價值的：它敘述了一個熱愛他們語言、文化和傳統的移民故事，這些人來自三輪車夫、的士司機、小販、書記，以及商人、銀行家，響應設立高等教育的號召，捐出他們的錢給南大。這種精神是可貴的。不幸的是，鼓起對中華文化和傳統深感自豪的那些理想，並沒有作為建立畢業生能夠經起市場考驗的大學教育的實際現實。」
南洋大學從歷史上消失了。
再見，雲南園。它並沒有被返還給捐款、捐地的華人以及相關團體，而是把它改造成了南洋理工學院，也就是現在的南洋理工大學。此南洋和彼南洋並沒有一點點關係。今天我們再走進當年的行政大樓，會發現它被改造成了「華裔館」。
再見，相思樹。它曾經長得漫山遍野，在南洋大學關閉之後，它也被「清算」了。
再見，八角亭。當年亭上有特別燒制的、有南大印記的綠瓦。
再見，南大牌坊。當年牌坊上的校名是于右任題寫的，如今南洋理工大學校園中的牌坊，是1995年重建的仿品。
再見，陳六使先生。
我們從南洋大學的關閉中看到了太多的不舍，太多的悲痛。但是在滾滾的時代大潮前，南洋大學不過是一艘小小的船，它在驚濤駭浪中航行了27年，它換了很多任掌舵人，但風浪越來越大，它只能停下——它太累了。
只有那些南洋大學的畢業生們、教職工們、關心南大的新馬華人們，以及從1974年6月15日起就安置在行政大樓里的銅像，他們的聲音還在新加坡的上空迴蕩。
有一位南洋大學的肄業生寫了一篇《My Old Days at Nantah》，此時他已經獲得了加拿大滑鐵盧大學的博士學位，他說
「在離開南大的往後數年裡，我經常在夢中回返南大完成我的學業。但是現實卻是殘忍的，因為我的南大母親已經死了。……我身為自已是南大的一名孩子而感到驕傲，雖然我無能成為南大畢業生。」
1981年2月，莫邪寫了一首詩歌《山鬼》：
相思樹已死/相思不死/窮盡碧落無處寫此沉冤/每一顆紅豆都是我/黃泉之下的血淚/而歷史/拒絕記載/城陷之日我攬鏡微笑/雕欄玉砌再也不屬於我/我終身蹁躚為春日群蝶/將一脈風流/植出鏗鏘的千萬花魂遍大地/江山信美兮我何所棲
1984年，著名女詩人淡瑩以詩歌《驚變》描述她參觀南大遺址的感慨，她仿佛又看到了三十年前「草根們」熱火朝天為南大募捐的場景，但過去已成灰燼：
「看！那如拳頭粗的鐵鎖/寒光懾人，森森然/鎖住了文、理、商學院/鎖死了每間課室里的/春風。小草不能再生/所有根須都被刈除，包括/賣冰水、踩三輪的血汗/包括販夫、走卒的感情。」「還有湖光，還有山色/一羅厘一羅厘被載走/日後回來尋覓/應以何處為起點? / /夜的黑爪，霍地張開/我握著軸的兩端/將心情 慢慢捲起/從滿目瘡痍中/一步一回首/走出這幅/這幅青山綠水。」
1987 年 3 月，希尼爾寫下了《曾經》，就在這一年，新加坡全面採用英語作為全國教學媒介語，華校教育走向窮途末路，這首歌中借祖母而透露出的哀傷因此顯得更加真實：
「我說，我已忘了去時路/祖母十分的不悅/敬愛的祖母/為孫不能告訴您真相/曾經，相思千千，那段綠蔭路/已橫斷為二，徒留孤樹一棵/那牌坊，您會因為它不叫做南大而不再愛這湖/歷經風雨，心中的城/幾乎拆塌，幾乎讓您/失去，這一生中/唯一美麗的回憶」
與《曾經》幾乎同時，杜紅寫下了《無名牌坊》：
「四年之間/每天經過牌坊/都懶得望一望/ /誰知三十年後的今天/聽說要拆那牌坊/我卻無限心傷/ /跑了十三哩半/最後一次看看牌坊/不見了題字，不見了一九五五年/ /無限心傷/掏出心中的牌坊/還圍繞著相思樹，還留著當年。」
這些不只是詩歌，它們是血淚，是控訴，是對華人之火將熄的恐懼，是對母語文化消散星城的嘆息。流川在創作於《無法償還的債——重回南大舊址感懷》稱之為「透支了多少鏗鏘傳統，文化上的龐大赤字」。新加坡的華人知識分子遭遇到了嚴重的心理創傷，在新馬華文文學史上，自1980年以來，進入到了「傷痕文學」時期，也有一些研究者稱之為「1981以來的黍離之傷時期文學」。何謂「黍離之傷」？
