1963年，南洋大学迎来了“后陈六使时代”。1963年9月16日，马来亚联合邦、沙捞越、沙巴和新加坡，共同组成了马来西亚，新加坡成为这个新国家的一个州。政治的骤变把陈六使卷进旋涡，9月22日晚，尚未组阁的新加坡政府宣布褫夺南大理事会主席陈六使的公民权。三天后，为南洋大学奉献了整整十年的陈六使，向理事会辞去主席一职。
陈六使
陈六使时代与后陈六使时代有着巨大的差异，在这一点上，我们更能体会出陈六使为了南洋大学长期盘恒于政商学三界的不易。陈六使辞任后，1963年10月5日，大学理事会不得不接受指令改组南洋大学。到了1964年7月10日，南大临时校内行政委员会举行移交仪式，接受校长印信及各项重要文件。从此之后，另一股力量参与进南洋大学的管理，我们可以把后陈六使时代称之为“艰辛时代”，因为相比之下，陈六使时代的南洋大学虽然遭受着种种非难，但整体还是意气风发，到了后陈六使时代的南洋大学，即使还有很多教职员工，努力捍卫著这所大学的“初心”，1970年，时任南洋大学校长的黄丽松博士撰写了《在发展中国家里成长的南洋大学》，他说，南洋大学的优势在于“一开始就认定以东方文化为基础”，在他的任期里，南洋大学的学术研究层面有了长足的发展，但南洋大学“黑云压城城欲摧”的气氛，在1963年之后就没有消失过。
黄丽松博士
离开南洋大学之后，陈六使有时还会对南洋大学的校务发声，但今非昔比。云南园已经不是当年的云南园。他眼睁睁地、沉默地，看着自己当年的理想，渐行渐远……
1964年8月，严思曾写了一首《在寒星萧索的夜晚》，歌咏早期南洋大学的地标之一“水塔”：
“我要走了，走了……/在寒星萧索的夜晚里我要想你/用不变的心/用不变的爱情/在今后火海刀山的日子里啊/水塔，愿我们/在祖国苍茫的天空里/发出勇猛的力量……”
读起这首诗，我们会想，严思笔下的水塔，真的只是那座塔吗？陈六使不就是长久屹立于南洋大学的水塔吗，他的信念，他的“使命”，始终在提醒南洋大学的千万校友们，你们所应该传承、应该奋斗、应该护卫的究竟是什么？是中华文化的血脉，是民族文化的根基……
有一些南洋大学学生，因为各种原因对陈六使抱有有趣的敌意。1966年，一位南洋大学校友声称，陈六使承诺为南洋大学捐出500万元，却还拖欠250万元；福建会馆认捐的60万元还欠40万元；《南洋商报》承诺给大学100万元，兑现的却只有9万4千元。这成为质疑陈六使“背信”的有力证据。这位东郭校友，真可谓算得一笔好帐。但陈六使在捐款时就已经说明，他认捐的数额并非一次性捐出的，另外，1963年起，南洋大学已经不再是那个陈六使和福建会馆，以及华人社会所理想的南洋大学。它应要求不断改组，它的发展方向模糊不清，它拿什么来要求陈六使履行承诺呢？
一艘大船，缓缓调转了航向。
1972年7月29日 南洋大学举行第十三届毕业典礼。这是一届特殊的毕业典礼，因为南洋大学研究院的第一届博士及硕士正式毕业。在黄丽松校长的领导之下，南洋大学证明了自己的学术水平。但是此时的陈六使，即将走完他76年人生之路。
一个半月之后的9月11日，76岁的陈六使因心脏病突发不幸去世，新马各界深感悲痛。南大校友敬献的挽联上写着:“含辛茹苦，创南大，一掷万金无吝色；白手起家，办教育，千锤百炼育英才。”包括南大师生在内的6000人为陈六使送行，在陈六使的灵柩上，覆蓋着南洋大学校旗。16年前，正是陈六使主持了升旗仪式，宣布南洋大学开学。那时候的他和那时候的南洋大学一样意气风发。16年后，斯人已逝，空留回响。
作为一个橡胶商人，他无疑是成功的，但他最成功之处并不在于商场，而在于这所寄托百万华人希望的南洋大学。如今也许很少有人还记得曾经叱咤风云的益和树胶公司，但只要南洋大学的牌坊还竖立在云南园，人们就一定会记得他这位南洋大学的创办人。
我们可以回忆起那些特殊的“陈六使”时刻：
陈六使六十寿辰时，南洋大学学生会致信说：
“正当华文教育遭受极大迫害之际，先生奋力号召南洋各界人士起来创建南洋唯一华文大学(事实上也是海外华人有史以来自己创办的第一间规模完备的大学)，以维护及发扬中华文化，在这伟大的工作中，先生始终以任劳任怨的精神，积极领导各界人士，克服重重困难，共同为创造南洋大学而努力，南洋大学有今日，光生之功绩是不可估计的，先生之令名将与南洋大学同垂永远。”
1953年7月26日中午12时，执委会主席陈六使在云南园主持大学筑路工程动土典礼，他以欢快的口吻说：
“今日是南洋大学动土之期，兄弟在此主持，感到非常兴奋，吾人已在此播下文化种子，吾华人之文化在马来亚将与日月同光与天地共存，中国人之文化是不会被消灭的，吾人在马之文化，正如马来亚一样应该永远地存在。去年兄弟鉴于华人文化存有危机，不得不极力提倡创办南洋大学，目的在使吾人之文化能在本地永远持续，各位今日看到此地带系一片荒野，但此地实系中华文化在此生根之处，永远存在，永不消失。”
中华文化将在南洋“永远存在，永不消失”，而陈六使“之令名将与南洋大学同垂永远”，这是多么美好的期待，也是多么美好的祝福，它寄托著多少信心。陈六使已逝，南洋大学已殒，但他的贡献将始终铭记在新加坡的蓝天碧海，与日月同光。
陈六使的去世，仿佛暗示著一个时代的结束。
六十年代初时，南洋大学学生们看到校园中的相思树时，写的诗是这样的：
“云南园的花朵已怒放了/沐浴在金黄色的清晨里/不知多少次我挟著书本走过去/ /相思树的青叶还在滚著珠水 /垂弯著腰欢迎我的到来/我常常漫步在相思树边的小路上。”(《我的歌呵，你从云南园飞出去》，作于1961年)
到了七十年代，关校的阴影之下，南洋大学的学生们再看到相思树时，他们写的诗是这样的：
我们有无尽的相思/一阵微风，叶与叶拍击/聒噪著，以我们的语言/在这样黯然，光芒微弱的年代。（南子《相思树》，作于1970年代）
1973年底，南洋大学被要求停止在大马招生，生源愈发萎缩。1975年，原教育部长李昭铭就任南洋大学校长，强力推动教育改革，除中华语文科外，全部课程改用英语教学。南洋大学成为一所“副牌的英文大学”，失去了从建校以来顶住重重压力才保住的特色：以中文为主要授课语言。但李光耀还是说：
“在南大理事会一致同意下，我于1975年3月派教育部长李昭铭到南大出任校长。他的任务是尝试把南大变成双语大学，但是不成功，因为云南园的华文氛围太根深蒂固，师生陷在完全用华文的环境太深，丝毫改变不了。这个任务对李昭铭太过艰难，他只坚持了17个月就离开了。”
1978年3月4日，南大理事会和新大理事会发表联合声明，宣布由本学年起两间大学建立联合校园，这样南大学生能够在讲英语环境里学习，从而提高英文水平。
1980年4月5日，南大理事会发表声明，决定接受李光耀的建议，把新大与南大合并为“新加坡国立大学”。1980年4月10日，李光耀致信说：
“我相信让南大象征继续保存下去对我国是有价值的：它叙述了一个热爱他们语言、文化和传统的移民故事，这些人来自三轮车夫、的士司机、小贩、书记，以及商人、银行家，响应设立高等教育的号召，捐出他们的钱给南大。这种精神是可贵的。不幸的是，鼓起对中华文化和传统深感自豪的那些理想，并没有作为建立毕业生能够经起市场考验的大学教育的实际现实。”
南洋大学从历史上消失了。
再见，云南园。它并没有被返还给捐款、捐地的华人以及相关团体，而是把它改造成了南洋理工学院，也就是现在的南洋理工大学。此南洋和彼南洋并没有一点点关系。今天我们再走进当年的行政大楼，会发现它被改造成了“华裔馆”。
再见，相思树。它曾经长得漫山遍野，在南洋大学关闭之后，它也被“清算”了。
再见，八角亭。当年亭上有特别烧制的、有南大印记的绿瓦。
再见，南大牌坊。当年牌坊上的校名是于右任题写的，如今南洋理工大学校园中的牌坊，是1995年重建的仿品。
再见，陈六使先生。
我们从南洋大学的关闭中看到了太多的不舍，太多的悲痛。但是在滚滚的时代大潮前，南洋大学不过是一艘小小的船，它在惊涛骇浪中航行了27年，它换了很多任掌舵人，但风浪越来越大，它只能停下——它太累了。
只有那些南洋大学的毕业生们、教职工们、关心南大的新马华人们，以及从1974年6月15日起就安置在行政大楼里的铜像，他们的声音还在新加坡的上空回荡。
有一位南洋大学的肄业生写了一篇《My Old Days at Nantah》，此时他已经获得了加拿大滑铁卢大学的博士学位，他说
“在离开南大的往后数年里，我经常在梦中回返南大完成我的学业。但是现实却是残忍的，因为我的南大母亲已经死了。……我身为自已是南大的一名孩子而感到骄傲，虽然我无能成为南大毕业生。”
1981年2月，莫邪写了一首诗歌《山鬼》：
相思树已死/相思不死/穷尽碧落无处写此沉冤/每一颗红豆都是我/黄泉之下的血泪/而历史/拒绝记载/城陷之日我揽镜微笑/雕栏玉砌再也不属于我/我终身蹁跹为春日群蝶/将一脉风流/植出铿锵的千万花魂遍大地/江山信美兮我何所栖
1984年，著名女诗人淡莹以诗歌《惊变》描述她参观南大遗址的感慨，她仿佛又看到了三十年前“草根们”热火朝天为南大募捐的场景，但过去已成灰烬：
“看！那如拳头粗的铁锁/寒光慑人，森森然/锁住了文、理、商学院/锁死了每间课室里的/春风。小草不能再生/所有根须都被刈除，包括/卖冰水、踩三轮的血汗/包括贩夫、走卒的感情。”“还有湖光，还有山色/一罗厘一罗厘被载走/日后回来寻觅/应以何处为起点? / /夜的黑爪，霍地张开/我握著轴的两端/将心情 慢慢卷起/从满目疮痍中/一步一回首/走出这幅/这幅青山绿水。”
1987 年 3 月，希尼尔写下了《曾经》，就在这一年，新加坡全面采用英语作为全国教学媒介语，华校教育走向穷途末路，这首歌中借祖母而透露出的哀伤因此显得更加真实：
“我说，我已忘了去时路/祖母十分的不悦/敬爱的祖母/为孙不能告诉您真相/曾经，相思千千，那段绿荫路/已横断为二，徒留孤树一棵/那牌坊，您会因为它不叫做南大而不再爱这湖/历经风雨，心中的城/几乎拆塌，几乎让您/失去，这一生中/唯一美丽的回忆”
与《曾经》几乎同时，杜红写下了《无名牌坊》：
“四年之间/每天经过牌坊/都懒得望一望/ /谁知三十年后的今天/听说要拆那牌坊/我却无限心伤/ /跑了十三哩半/最后一次看看牌坊/不见了题字，不见了一九五五年/ /无限心伤/掏出心中的牌坊/还围绕着相思树，还留着当年。”
这些不只是诗歌，它们是血泪，是控诉，是对华人之火将熄的恐惧，是对母语文化消散星城的叹息。流川在创作于《无法偿还的债——重回南大旧址感怀》称之为“透支了多少铿锵传统，文化上的庞大赤字”。新加坡的华人知识分子遭遇到了严重的心理创伤，在新马华文文学史上，自1980年以来，进入到了“伤痕文学”时期，也有一些研究者称之为“1981以来的黍离之伤时期文学”。何谓“黍离之伤”？
