1996年3月，新加坡財政部長鬍賜道收到金融管理局副董事經理高銘勝的報告稱，他獲知，市場上謠傳李光耀及其親屬在旅店置業的房地產發展項目中購買了物業，而且其中涉及到一些不恰當的安排。由於上述傳言的政治含義非同小可，涉及的又是被稱作「國父」的李光耀資政，所以3月21日，胡賜道向總理吳作棟做了彙報。第二天，吳作棟便通知內閣的核心成員，即副總理兼國防部長陳慶炎、外交兼律政部長賈古瑪和內政部長黃根成。他對這三位核心成員說：「作為一國總理，我必須查證市場的傳言以保證政府的清譽。如果市場指資政父子購屋其中必有蹊蹺的說法是錯誤的，我們必須杜絕這種傳言；如果市場的傳言屬實，我們將追究下去。」
經過了周密的考慮，吳作棟決定調查李光耀父子。他事後說，他用了幾天時間反覆思考怎樣才能最好地處理資政的事件。吳作棟知道，即使調查結果顯示對方沒有犯錯，調查行動也可能會威脅到自己跟資政李光耀和副總理李顯龍的關係，還可能破壞他們以及政府的聲譽。而調查行動也可能成為下屆大選的政治代價，甚至有導致人民行動黨分裂的危險。但是，作為總理，他必須保證政府是正直的，「沒有任何個人或政治代價，會比人們對政府的正直性失去信心更為重要」。
在吳作棟的指示下，政府有關部門要求旅店置業提供玉納園與史各士28號公寓的購買者名單、價格表以及有關的回扣。根據調查，李光耀和李顯龍購買了玉納園（各1個單位）和史各士28號公寓（各1個單位）的房產，合計4個單位。旅店置業也的確給他們兩人的購房打了折扣。李光耀和李顯龍購買的玉納園的房產，分別獲得7%、12%的折扣；兩人購買史各士28號公寓的房產，則都是獲得5%的折扣。
3月26日，吳作棟就這件事向副總理李顯龍提出詢問。李顯龍立刻寫信給總理呈報所買的公寓單位，並在後來又發現旅店置業原來曾給他購屋打折。3月28日，吳作棟在內閣會議結束後，在李顯龍列席的情況下，與陳慶炎、賈古瑪和黃根成討論李顯龍購屋的事情。由於當時李光耀剛接受第二次心臟手術不久，吳作棟覺得不便在這個時候向李光耀提出詢問。但陳慶炎、賈古瑪和黃根成卻認為有必要在這個時候向李光耀提出詢問，以讓他及時獲知市場上的傳言。3月29日，吳作棟寫信給李光耀，李光耀在第二天回信給他，解釋了一些購屋的主要情況，並在4月1日到總理辦公室會見總理吳作棟。
李光耀說，自己在獲知人們對他購屋的程序存在疑問後感到困惑。吳作棟向他解釋說，他必須證實，他與李顯龍雖然獲得折扣，但並沒有得到特別的待遇。吳作棟與李光耀就此事進行幾次討論後，李光耀最後建言，如果吳作棟還是不滿意自己的解釋，他可以設立調查委員會來調查這一事件。調查顯示，在旅店置業出售同期公寓時獲得折扣的人士，不限於李光耀父子兩人。在玉納園公寓的買主中，有21%獲得7%或以上的折扣；在史各士28號公寓的買主中，則有22%獲得5%的折扣。
在調查過程中，李光耀和李顯龍的態度也非常開放，願意隨時回答吳作棟等人提出的問題，也準備接受公眾的核查。經過調查，吳作棟、胡賜道等人認為，李光耀和李顯龍是以完全正常的方式購買房產的。雖然他們購買的價格合理，但卻因為發生了複雜的定價程序，從而把事情複雜化了。吳作棟說，由於長時間的相處，自己對李光耀和李顯龍的為人非常了解，也不曾在腦海中懷疑過他們的正直品質。儘管如此，李光耀和李顯龍仍然要求吳作棟做安排，讓他們在國會辯論中進行公開的解釋，並接受別人的質問。吳作棟同意了他們的要求。
1996年5月22日下午，李光耀在國會針對他和副總理李顯龍向旅店置業購買兩處房地產的事件展開辯論前，發表了一個半小時的演說，把自己購買房地產的來龍去脈以及獲得折扣的原因，向國會進行了「一清二楚」的交待。第二天的新加坡《聯合早報》以兩個整版的頁面刊登了演說的全文。
李光耀解釋，購買這套房子的原因是，自己現在住著的房屋是幾十年前父母所購的一棟3層樓房。自己住在與客廳同層的1樓，父親住在與飯廳同層的2樓，而廚房是在3樓。當時，年高的父親應付不了這種上下樓的折騰，並在4年和4年半前兩次跌倒，摔成手臂和腿骨折，最後不愉快地搬到了弟弟家住。在弟弟家，臥室、洗手間、餐廳和會客室都在同一樓層，更為安全方便。考慮到父親先前的遭遇，李光耀覺得自己將來可能要一間臥室、洗手間、餐廳和會客室都在同一樓層的公寓。這樣，便有了購買玉納園公寓的行為。
6個月之後，李光耀的妻子柯玉芝又託人在旅店置業的另一個稱為史各士28號的發展計劃里訂購了1個單位。柯玉芝在購買的時候也沒有提到打折扣的事情。事後，在政府對自己購房之事進行調查的時候，才知道房子打了5%的折扣。
李光耀說：「無論在任何階段，妻子和我都沒想過或感到我們做的事是不正常或不正當的。兩宗都是公開和光明磊落的交易。代表律師以我們的名義同土地註冊局提出申請，……預告列明我是玉納園的買主，買價是357.826萬元；兩人的名義是史各士28號單位的買主，買價是279.15萬元。」
按照李光耀的要求，旅店置業於國會辯論之前的1996年5月20日召開記者發布會，詳細公布李光耀父子購房過程。旅店置業透露，共有24個玉納園買主享有2～7%不等的折扣。而多數折扣都是7%。由於李光耀和李顯龍是在預售玉納園之前最早的一批確定買下的顧客，因此，公司讓他們享有7%的原標價折扣。不過，由於李顯龍所要購買的單位有另外的買家感興趣，為了能夠賣掉2個單位，公司決定說服李顯龍，讓他選擇另一個更大單位。這個更大的單位形狀有點奇怪（不夠規範），而且多出了170平方英尺，折扣因此提高到12%。
財政部長鬍賜道建議李顯龍退回12%折扣中的5%，也許對事情有幫助。李顯龍對這個建議加以否定。他認為，自己並沒有做錯什麼事，為什麼要把錢還回去呢？那將會被他人誤解為自己承認這是自己的過失。吳作棟也同意李顯龍的看法，但讓他自己做出決定。於是，李顯龍與父親李光耀進行了討論。
在直覺上，李光耀也是反對這麼做的。不過，在經過了一番思索之後，李顯龍又覺得自己應該做出一些表示，即進一步強調，不管事先是否知道折扣的存在，他都不是因為有折扣才買下房子。但他也要確保自己和父親的行為不會成為先例，致使部長們將來購買房地產時不能接受即便是任何合法的折扣。
在對如何處理購房折扣的討論中，大家覺得其他折扣都可以保留，包括李顯龍所購玉納園的房子所獲得的12%的折扣，其中與大家相同的7%的折扣也可以保留，只是將多出5%的折扣捐出來。
但是，李顯龍卻不認同這種做法。他認為，要麼自己就保留所有折扣，因為享受這些折扣並沒有違法或不公平之處；要麼就將所有折扣都捐獻出去，因為其目的是要表現一種姿態。不可能保留7%的折扣，捐出其餘的5%的折扣。
因為李顯龍執意要捐出購買玉納園房產所獲的所有折扣。為了表示對兒子的支持，於是李光耀也決定將自己購買玉納園享受的7%的折扣全部捐獻出來。
李顯龍將此想法告訴吳作棟。吳作棟也認為這一想法將有所助益。但是，同僚們對於李顯龍這一想法所表達的姿態反應複雜。受華文教育者大都認為這麼做並無幫助。有人用了「此地無銀三百兩」來形容這一做法。但李顯龍還是相信自己做了正確的決定。他要向新加坡人清楚地表示，他並沒有主動要求折扣，事先也並不知道有折扣，而且也不必有折扣。
李顯龍說自己做出這個決定並不容易。這並不是因為這筆錢數目很大——大約60萬元。
當李光耀和李顯龍決定將自己購買玉納園房產所獲折扣全部捐獻給政府時，吳作棟以他們在購房中所獲折扣並無違法或不公平之處而加以拒絕。於是，李光耀和李顯龍又將這筆款項贈給了國內慈善機構。
