9月2日，新加坡再次爆發種族衝突事件，共有13人在這次事件中身亡，105人受傷。
1965年5月3日，李光耀發表講話，宣稱「馬來人……三分之一的新移民是最近100年內移來的」。
他的講話被認為是對馬來亞人的公開歧視，是火上澆油。
巫統內的激進分子甚至主張對李光耀繩之以法，對他實施逮捕。
如此一來，一場大規模的種族衝突將會在聯邦爆發，畢竟馬來西亞也有400萬華人。
但作為溫和派的首相東姑經過反覆權衡之後，作出了痛苦的決定：好聚好散，把新加坡從聯邦之後「請出去」。
日後，東姑回憶道，「我已經在早些時候向作為李先生代理人的吳慶瑞先生提到過，唯一的選擇是分開。」
但李光耀並不願意分開，他動情地說「我不可能是一個馬來人，但我可以是個馬來西亞人，我希望是建立一個包含多元種族的馬來西亞。」
但東姑的決心已定：「我打定了主意，我們各走各的路，互不打擾。」
1965年8月9日上午10時，新馬分離議案在馬來西亞國會以120:0的表決結果獲得通過。
實際上，新加坡是被開除出了馬來西亞聯邦，大大出乎新加坡領導人李光耀的預料。
據報道，當李光耀向新聞界宣布新加坡獨立的時候，聲音哽咽，「因為他半生為之奮鬥的理想破滅了」。
他甚至說「1965年8月9日對新加坡人民來說，不是什麼值得慶祝的日子」。
李光耀當時對新加坡的前途非常悲觀，他在回憶錄中寫道：
「前途是渺茫的……我們分了出來，一切都得靠自己。」
但是新加坡雖然資源貧乏，但是地理上有得天獨厚的優勢，是連接印度洋與太平洋的馬六甲海峽的出入口。因此新加坡以航運、轉口貿易為依託，大力發展商業、通訊和旅遊業，經濟蓬勃發展，創造了積極奇蹟，把馬來西亞遠遠地甩在後面。
那麼，馬來西亞人會後悔嗎？肯定不會後悔。
因為兩國的民族結構不同，宗教文化矛盾突出，聯邦的存在會影響到經濟發展。
馬來西亞聯邦跟美利堅聯邦不同，美國建國初期大多數居民都來自英國，種族和文化差異不大。
後來美國雖然成為一個多種族國家，但移民是漸進的，後來的移民得到了融合。而馬來西亞和新加坡原本不是一個國家，聯邦在成立之初，就有華人和馬來人兩大族群，馬來人和華人種族不同，宗教不同，文化和價值觀也截然不同；如果不分開的話，民族矛盾無法調和，利益分配難以讓各方滿意，勢必會引起社會長期動盪，兩地的經濟也難以健康發展。
可以確定地說，如果當年不分家的話，馬來亞聯邦的經濟不但不能達到新加坡那樣的水平，甚至連馬來西亞現在的水平也難以達到。
不管怎麼說，兩國能和平分手，沒有像巴基斯坦和孟加拉那樣大打出手，對兩國人民來說何嘗不是一件好事，有什麼可後悔的？
