1941年12月，日本第二十五軍在山下奉文大將的率領下向新加坡要塞進攻。次年2月15日，英國馬來亞陸軍總司令白思華將軍率8萬英軍向日軍投降。日軍進入新加坡後，對新馬華人以「大檢證」和「大肅清」的名義進行了滅絕性大屠殺。
山下奉文
日軍占領前的新加坡大約有華僑60萬人，加上從北部馬來半島逃避戰火而來的華僑，共有約100萬人。據李恩涵先生研究，在新加坡檢證大屠殺中，華人死亡人數在2.5萬—5萬人之多。
中國的全面抗戰爆發後，華僑捐獻了數目巨大的資金並有很多華僑回國參戰。華僑也是抵抗日軍入侵馬來半島的重要抵抗力量。華僑潛在的反抗影響日軍對新馬占領，日軍儘快占領東南亞，急於從新馬抽調兵力，以獲取東南亞各國豐富的戰爭物資支撐戰爭。因此日軍為了切斷華僑對中國抗戰的資金和人力支持，穩定對新馬的占領，決定對華人進行大屠殺。「肅清華僑計劃」的主謀是第二十五軍司令官山下奉文。
日軍在擦拭兇刀
山下奉文下令從2月18日開始展開掃蕩行動，以搜捕敵對的華僑，其搜捕標準共有9條：1.曾經在南洋華僑籌賑會中積極活動之人士。2.曾經最慷慨地捐輸給籌賑會之富裕人士。3.南洋華僑救國運動領袖陳嘉庚之追隨者以及校長、教員和律師。4.海南人9。5.凡在中日戰爭以後來到馬來亞之中國出生華人。6.凡是文身之男性。7.凡是以義勇軍之身份，替英軍抵抗日軍之人士。8.公務員以及可能親英之人士。9.凡是擁有武器，並嘗試擾亂治安之人士。其結果是一場針對抗日人士、共產黨人和華人的集體屠殺。
日軍執行「肅清華僑計劃」的方法是，先以盤查和發放「良民證」的方式，將華僑集中，然後集體殺害。1942年2月19日，山下奉文的司令部在主要街道張貼布告大日本軍司令部布告凡居住於本島12至60歲男子，限於2月19日正午在下述地區集合：1.從丹戎帕加至蒂恩巴樂路一帶。2.從里巴路至坦格林路一帶。3.從夏朗布薩至西冷古恩一帶。4.從卡朗至蓋蘭一帶。5.從帕亞雷巴路至樟宜路的交叉路口一帶。違令者將處以死刑。華籍男居民到達日軍指定的5個地區集中檢證，凡認為可疑人員均被日軍押上卡車送到海濱或用船隻送到海面上用機搶掃射進行殘殺。
東條英機受審
這只是日軍殺害華人的一個典型的例子。在日軍進攻馬來亞半島和統治初期，日軍發動的大規模的集體大屠殺就有：新加坡大檢證，吉隆坡大肅清，檳榔嶼的兩次大檢舉，馬六甲大鎮壓，在新山、麻坡、馬力四隆、文律進行的大屠殺，在森美蘭州知知港、余朗朗等村進行的清鄉屠殺，另有較小規模的屠殺達29次之多。日軍在馬來亞所屠殺的華人總數在15萬以上。
1945年10月29日，山下奉文大將被交送馬尼拉美國軍事法庭審訊指控他在新加坡指揮日軍屠殺五千名華僑的罪狀，最後山下被處以死刑。1959年，在新加坡東海岸建廠挖掘時，意外發現了大量堆疊的骨骸，驗明了是新加坡淪陷時期被日本人殺害者的華僑遺骨。
